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法医实验室几种常用DNA提取方法及比较
法医几种常用DNA提取方法及比较
一 Chelex100法
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方法:
评述:
Chelex100法提取前的检材清洗非常重要,因为现场检材往往均较脏,脏东西可以抑制PCR反应,所以往往不止清洗一次,清洗检材时可能损失部分DNA。所以应平衡清洗抑制剂与损失DNA之间的关系。特别强调清洗时应“把根留住”,很多情况下已知样本DNA检验失败的原因是把根没有留住。DNA检验时还有另外一句名言:“一个萝卜一个坑”,防止混乱检材。肝素抑制PCR反应,血红素抑制PCR反应,所以长时的浸泡、多次清洗往往可能洗除肝素及血红素。在已知样本多次无检验结果疑为肝素抗凝的情况下,多洗是检验成功所必须的。血红素对普通Taq酶的抑制作用是明显的,而目前mtDNA扩增一般用普通Taq酶,所以同一样品除进行STR检验外尚需进行mtDNA检测时,尽量去除干净血红素,显得尤为重要。现场提取毛发或样本毛发,用毛根进行STR检验时,纯水清洗也非常重要,如果没有清洗干净,毛根DNA本身很少,很易检出为混合型。因为现场毛发及样本毛发很易粘附另一人成份。毛根清洗的特点为振荡洗涤,不离心,多换水。
清洗后检材中加入5%Chelex100量视检材而定。 检材参考加入量
0.5×0.5cm血斑 150ul-200ul 二步法精斑 100ul
毛根 10ul
烟头 30-50ul
对于组织,难溶检材,有疑问检材,均可加入终浓度为100ug/ml左右PK,有时间隔一段时间,补加适量PK,PK 蛋白水解酶K 作用最佳pH为8.0。
5、加入Chelex100后,56℃浸泡时间,血斑≥15min;组织≥30min,二步法精斑≥1h。
6、PCR扩增前应离心。PCR扩增时不应吸入Chelex100,因为Chelex100为PCR抑制剂。
7、Chelex100使用浓度5%,有些人用10%,有些人用20%,各人爱好。配制好5%Chelex100 pH应在10—11之间,否则应丢弃,不应人为调整Chelex100悬液pH值。
二 有机法
原理:
方法:剪取适量检材,置于0.5ml离心管内,清洗方法同用Chelex100法提取DNA,加入适量纯水及终浓度为100μg/ml PK,37-56℃孵育15min至数10小时,有时间隔一段时间补加适量PK 13,000rpm 5min 吸上清于另一管 加入等体积平衡酚 振荡或颠倒彻底混匀 13,000rpm 5min 吸上清水相于另一管加入等体积1:1混合平衡酚:氯仿 振荡或颠倒彻底混匀 13,000rpm 5min 吸上清水相于另一管 加入等体积氯仿 振荡或颠倒彻底混匀 13,000rpm 5min 吸上清水相于另一管 加入2.5倍体积冷无水乙醇冷冻保存10min以上 13000rpm 5-10min 弃上清 室温凉干或1005min烤干 加入10-20μl纯水 室温溶解或1005min帮助溶解 离心上清备用
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1有机法是经典DNA提取方法,目前国内外仍大量采用,其提取DNA特点为双链,纯度高。
2有机法缺点是应用有毒有机试剂,对人体有害,污染环境;多次换管,容易引起检材污染及编号混乱。有机法提取DNA的另一个缺点是不能去除某些染料,血红素等,而这些恰好是PCR抑制剂。 原理:65℃解离后,DNA释放于洗脱液中。
方法:5%Chelex100提取DNA上清液或者用裂解直接提取骨骼、指甲毛发DNA上清液等约移于0.5ml离心管内 → 加入100ul,磁珠5ul → 振荡混匀,室温5min → 在磁架上吸弃上清 → 加入I 300ul → 振荡混匀 → 在磁架上吸弃上清 → 加入II 300ul→ 振荡混匀 → 在磁架上吸弃上清 → 加入II 300ul → 室温放置2 min干燥 → 加入30-50μl ,振荡混匀 → 6510min → 速于磁架上吸上清于另一新离心管,备用。
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1磁珠法优点是、快速,不有机溶剂,安全无毒。过笔者验证,磁珠法灵敏度,放置月余的毛囊的毛发中成功提取到后期的检测中成功检测到位点。磁珠法用于微量及疑难。
2磁珠法与比较,前者简单、方便,转移离心管次数较少,不易污染,而后者则正好相反。
目前磁珠法被广泛地用于法医,国内的品牌主要有洛阳纳米科技有限公司的法医样本,品牌的磁珠稳定性、灵敏性居于世界前列,与国外某些品牌相比和纯化效果也毫不逊色。 1988年Miller等报导经典盐析法提取血液DNA,其方法为溶解红细胞后,离心沉渣用PK消化,用大约6M饱和NaCl沉淀蛋白质,离心上清中DNA用无水乙醇沉淀,用TE溶解
五 NaOH法
:强碱溶解、变性蛋白质,破坏细胞膜及核膜,变性核酸酶,释放DNA,NaOH不破坏DNA一级结构。
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1、试剂配制 裂解buffer 0.2M NaOH 中和buff
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