分子生物学和临床.pptVIP

Genbank Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。 Genbank库里的数据按来源于约55,000个物种，其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的34%是人类的EST序列)。每条Genbank数据记录包含了对序列的简要描述，它的科学命名，物种分类名称，参考文献，序列特征表，以及序列本身。序列特征表里包含对序列生物学特征注释如：编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。所有数据记录被划分在若干个文件里，如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类，其中EST数据等又被各自分成若干个文件。用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。 NCBI的网址是：。 Entrez的网址是：/entrez/。 BankIt的网址是：/BankIt。 Sequin的相关网址是：/Sequin/。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成 数据库网址是http://www.ebi.ac.uk/embl/ 日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。 GDB的网址是： 蛋白质数据库 PIR和PSD国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库 SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。PROSITE生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。PDB蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库 SCOP蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。COG 蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。 功能数据库 KEGG京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，同系保守的子通路，化学物质、酶分子、酶反应等DIP相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。ASDB可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。TRRD转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个TRRD的条目里包含特定基因各种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。TRANSFACTRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。 其它数据库资源 DBCatDBCat是生物信息数据库的目录数据库，它收集了500多个生物信息学数据库的信息，并根据它们的应用领域进行了分类。包括DNA、RNA、蛋白质、基因组、图谱、蛋白质结构、文献著作等基本类型。数据库可以免费下载或在网络上检索查询。DBCat的网址是：biogen.fr/services/dbcat/ PubMed PubMed是NCBI维护的文献引用数据库，提供对MEDLINE、Pre-MEDLINE等文献数据库的引用查询和对大量网络科学类电子期刊的链接。利用Entrez系统可以对PubMed进行方便的查询检索。 PubMed的网址是：/ 基因组学的现实意义和深远意义已得到人类共识。目前，美国、英国、日本、加拿大和中国科学家共同发起并在实施人类基因组单体型图计划，这项计划旨在分析人类不同群体的差异，并在此基础上进一步分析所有与疾病相关的序列差异，为２１世纪