基因组学提出的新问题.pptVIP

第三部分 基因组学提出的新问题 原核生物基因组概述 几个原核生物的基因组 基因组的进化 微生物基因组学的应用 绪言 WGS和其它基因组测序技术使我们在很短时间内了解了许多原核生物基因组的特征。原核生物的许多基因组序列已经完成测序，这些原核生物已经代表了自然界中存在的，系统发育的多样性。 不同原核生物基因组的比较研究将极大地有助于我们对原核生物进化的了解，从而最终帮助我们推断基因的功能。 基因组序列还将帮助我们了解遗传调控以及基因组组织。 因为原核生物和人类之间存在生物化学的相似性，这样的信息也可帮助我们确定人类基因的功能。 原核生物基因组结构的复杂性 通过研究已测序的原核生物基因组的序列，我们对原核生物基因组组织和功能有了很多新的和重要的了解。 同时随着对微生物基因组认识的不断深入，我们对微生物学的前基因组时代已成定式的几个预测也提出了疑问。这些预测与原核生物基因组的物理结构和遗传组成都有关系。 原核生物基因组的物理结构－染色体 染色体的结构特征是区分原核细胞与真核细胞的一项主要特征。传统观点认为，典型的原核生物基因组是一个环状DNA分子，位于类核中。 线性基因组的发现 虽然，大部分的细菌和古细菌的染色体的确是环形的，但也发现了越来越多的线形基因组。其中最先发现的是布氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi) (Ferdows Barbour 1989)，随后在链霉菌(Streptomyces)和其它细菌中也都报道了线形基因组的存在(Chen 1996)。 原核生物基因组的物理结构－质粒 原核生物另一个复杂性在于质粒的存在。E. coli含有4.6 Mb大小的染色体，还有许多种质粒，其中没有一种超过几kb。由于质粒所编码的功能并非宿主所必须，因此可将主染色体定义为“基因组”。 布氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)的线性染色体长910 kb，含有853个基因，此外至少有17个线形或环状质粒，它们共有533 kb长，含至少430个基因(Fraser et al. 1997)。 多成分的基因组 布氏疏螺旋体质粒上携带的这些基因大多数被认为是孤独基因，但被鉴定的基因中却有一些是必须的，如膜蛋白和嘌呤生物合成的基因，这意味着疏螺旋体的17个质粒中至少有一部分是基因组的基本成分。因此一些微生物可能有多成分的基因组，包括许多独立游离的DNA分子，它们更接近于真核细胞核所见到的成分而不是典型的原核生物的基因组形式。 然而，对疏螺旋体基因组的这种解释仍有争论，与疏螺旋体相关的苍白密螺旋体的基因组是单个环行DNA分子，长1138kb,含1041个基因(Fraser et al.1998), 经比较，与疏螺旋体质粒中的任何基因似乎都没有同源性。 原核生物基因组遗传组成的复杂性 E. coli基因组中大约有600个操纵子，每个操纵子含2个到3个基因。大多数操纵子中基因功能是相关的，编码一组蛋白质，参与一个生化过程，如乳糖的利用和色氨酸的合成。 但是在甲烷球菌和另一种菌Aquifex aeolicus的操纵子中的基因产物却几乎没有什么联系。例如，A. aeolicus基因组中的一个操纵子含有6个相连的基因，编码2种参与DNA重组的蛋白、一个用于蛋白质合成的酶、一个运动蛋白、一个参与核苷酸合成的酶以及一个参与脂质合成的酶(Deckert et al. 1998)。甲烷球菌也存在类似的操纵子结构。在这两种细菌中，操纵子表达所产生的酶并非参与同一个生化通路。 这样，通过对它们基因组的比较研究使我们对操纵子原来的理解产生了疑问，虽然我们不应过早地放弃操纵子在细菌生化调节中起关键作用这一观点，但我们需要解释甲烷球菌和Aquifex aeolicus中操纵子与众不同的原因。甲烷球菌和Aquifex aeolicus是自养生物，它们能利用二氧化碳合成有机物，这一点与许多微生物不一样，但还不清楚如何利用这种种属间的相似性解释其操纵子结构。 最小基因组 生殖道支原体生长在人的生殖道和呼吸道，它的基因组只有580kb，这是自由生活的有机体中最小的基因组之一，这样的序列资料是很令人感兴趣的，因为它可以帮助我们建立一个自由生活的生物所需的最少基因究竟是多少的概念。 该菌有大约517个基因(480个蛋白编码基因和37个RNA编码基因)，其中大约90个蛋白与翻译有关，与DNA复制有关的只有29个。有趣的是，生殖道支原体的膜蛋白编码基因有140个(占该基因组29%的序列)。 甚至在这样的小基因组中，还仍有22％的基因不与已知的序列同源。 通过与近亲肺炎支原体基因组比较，并用转座子插入失活的方法进行研究表明，大约有108到121个基因对于生殖道支原体的存活是非必需的。因此，在实验室条件下生长所需要的最少基因似乎是265到350个基因，这其中有1