课内生物信息学教学大纲.docVIP

红河学院《生物信息学》课程教学大纲 一、课程基本情况与说明 （一）课程代码： （二）课程英文名称：bioinformatics （三）课程中文名称：生物信息学 （四）授课对象：生物科学和生物技术专业本科生 （五）开课单位：生命科学与技术学院 （六）教材： 1、生物技术专业：《生物信息学应用技术王禄山高培基生物信息学DavidW.Mount著钟扬译高等教育出版社生物信息学中的计算机技术Developing Bioinformatics Computer Skills)》，Cynthia Gibas,Per Jambeck著，孙超《生物信息学：基因和蛋白质分析的实用指南》，Andreas D. BaxevanisFrancis Ouellette B F著，李衍达、孙之荣等译，清华大学出版社，2000An Introduction to Bioinformatics Algorithms ）》，琼斯，帕夫纳著，王翼飞等译化学工业出版社综合了生物学、计算机学、信息学、统计学等方面的知识(genomics)和蛋白质组学(protemics) 奠定基础。 （九）教学目的 1、给学生介绍生物信息学的主要内容以及未来可能的发展方向，为学生构建相关知识体系，开阔学生的视野，为将来进一步学习、科研打下基础2、让学生了解生物信息学的基本研究方法，并能掌握应用其中的一些常用方法，以提高学生的科研能力采用信息学技术去分析和探索大量核酸和蛋白质序列所蕴藏的生命意义3、学习运用计算机软件来分析生物学问题用理论提高实验水平，加强对分子生物学实验结果的预测与分析等等的能力。考虑到特点，为实现本大纲的要求，应积极采用新教材、多媒体及计算机辅助教学等先进教学手段，提高教学效果。在教学过程中，要注意前修课程和后续课程的联系。本课程是的课程，学生在生物领域已经有了相当基础知识教学重点应放在几大学科（生物学、计算机学、信息学、统计学等）知识的综合上，着重讨论学科的交叉运用。对于生物信息学中的基本研究方法的学习，应是教师介绍、课堂讨论、课后作业相结合，通过学生的实践，深入掌握这些研究方法，能理解其算法，培养学生分析问题和解决问题的能力。结合实际，介绍并提供当前热门的生物信息软件，并布置作业，让学生实习。第一章 论第章 2 2 第章第章第章序列第章第章本课程采用多媒体教学与上机实习相结合的方式。主要强调利用各种公用的生物信息学资源进行上机实习过程的学习40％（必修）或50%（选修）；形式：论文（专题研究或文献综述等）； 考勤提问：10％；形式：不定期点名。 实验成绩主要考查学生的实践动手操作能力和分析能力，平时作业可以分书面作业和电子版作业两种，后者主要是一些在线分析、数据库检索和软件应用的结果文件。期末主要考查学生理论知识的掌握情况和综合运用水平。对于少数在某些方面确有特长（如擅长编程或网页数据库制作维护等）的学生，可指定相关软件编写、数据库建设和生物资源类的网页设计等内容作为其课程设计任务，按时完成并达到预期设计目标的，经审核确认确为其本人独立（或者为主）完成，可以不进行期末考查，以课程设计任务成绩代替。 二 、讲授大纲 第一章 绪论（2学时） 基本要求： 了解生物信息学兴起的主要原因。历数遗传学和基因组学领域中各里程碑事件及基因组测序技术的发展。理解生物信息学的基本概念目前生物信息学中的各热点问题。掌握什么是生物信息学的研究对象和研究内容，以及几个重要的生物信息学资源和主要生物信息学工具。 重点： 1、生物信息学的定义、基本概念及其发展现状。 2、生物信息学研究的基本内容、基本原理与生物学基础。 3、计算机在生物学研究中的应用。 难点： 信息的内涵。 生物大分子序列和结构的信息功能。 生物信息学的交叉学科和大科学特点。 生物信息学的兴起，生物信息学的概念，以及当前生物信息学所面临的巨大挑战等。了解从单克隆技术到全基因组鸟枪法测序技术的发展使得海量的基因组数据产生，以人类基因组为例，了解基因组注释的主要步骤和内容。遗传变异（如SNP）的概念、类型及发现方法。了解核糖核苷酸水平上基因表达的概念非编码RNA在基因组中多种类型掌握表达序列标签的主要特点学习表达序列标签对掌握基因组内各种特征信息的意义。理解高通量的蛋白质组相互作用组产生的背景，对这些新兴的概念有比较深入的理解。理解如何对已测序的基因组数据进行注释和正确地进行基因预测。掌握转录组的发现和基因表达谱的概念单核苷酸多态性（SNPs）如何从海量的基因组数据提取有用的信息是基因组序列数据分析的巨大挑战。。基因组序列数据和基因组测序技术遗传变异数据转录组的基本概念及应用基因表达谱的基本概念以及应用EST以及EST的重要性蛋白质组学的意义蛋白质相互作用识别和预测的多种计算方法生物通路，蛋白质二级、三