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RT-PCR
半定量 RT-PCR 方法一反转录—第一链 cDNA 的合成参照Promega RT-PCR试剂盒说明书进行。取2 μg植物 total RNA,与Oligo(dT)引物以0.5 ug primer/ug total RNA 的比例混合,体积不超过11 μL,70℃ 5 min,冰上冷却。加入各种反转录试剂混合:10× reverse transcript buffer 2.5 μL;RNase Inhibitor 0.5 μL;dNTP Mixture 2.0 μL;Reverse Transcriptase 1.0 μL;RNase free Water 补足 25 μL;混匀后,42℃ 1 h;75℃ 10 min。 PCR 合成第二链取第一链产物0.5 μL为模板,按常规PCR程序进行PCR扩增。以拟南芥Actin7基因为反应的内标对照。方法二反转录-聚合酶链反应(RT-PCR扩cDNA)第一步:1.0 μg拟南芥总RNA和1.0 μL oligo(dT) 引物,用水稀释到总体积5.0 μL的体系,70℃加热5 min后,迅速置冰上。第二步:在反转录作用下由随机引物引导反转录成cDNA第一条链。反应体系如下:表1 RT-PCR反应体系Table 1 The reaction system of RT-PCRMgCl2(25mM)5×Rxn BufferdNTP Mixture(25mM)rRNasin Ribonuclease inhibitor Reverse Transcriptase总RNA2.0 μL4.0 μL1.0 μL0.5 μL1.0 μL1.0 μg RNAtal25.0 μL反转录反应先在25℃下进行5 min,然后在42 ℃条件下进行50 min。转录反应物在70℃加热15 min后置于冰上,取反转录反应物的0.5 μL为模板,用如下的特异引物进行PCR反应。1.3.4 目的基因的获得1.3.4.1 PCR扩增目的基因PCR反应体系Table 2 The reaction system of PCR10×PCR Buffer(含Mg2+)10mM dNTP Mix10μM Prime R10μM Prime FcDNAE×Taq (5U/μL)ddH2O2.5 μL1.0 μL1.0 μL1.0 μL0.5 μL0.2 μL18.8 μLTotal25.0 μL按上表配制PCR反应液,反应条件如下:预变性95℃ 5 min;变性94℃ 50 sec,退火49~58℃ 60 sec,延伸72 ℃60~150 sec,32个循环;总延伸72℃ 10 min。Real time PCR方法一,单链cDNA的合成 单链cDNA的合成采用SYBR ExScriptTM RT-PCR kit (Perfect Real Time) (TaKaRa)试剂盒进行,具体操作如下:在冰上按如下表配制RT反应液: ReagentVolume(μL)0.5 μg RNATo 0.5 μg5×PrimeScriptTMBuffer2 μLPrimeScriptTM RT Enzyme MixⅠ0.5 μLOligo (dT) 12-18 (50 μM/L)0.5 μLRandom 6 mers (100 μM/L)0.5 μLRNase Free dH2OTo 10 μLTotal10 μL2. 将上述混合物置于42℃,15 min(反转录反应);85℃,30 sec(反转录酶失活)。3. 得到的单链cDNA稀释10-100倍保存于-20℃。二, Real time PCR各cDNA样品分别用相关引物进行定量PCR反应。反应体系为20 μL:PCR ComponentVolume(μL)2×SYBR Primix Ex TaqTM10Primer F(10 μM)0.4Primer R(10 μM)0.4cDNA 模板2dd H2O7.2Total20反应条件如下:95℃10 s预变性,然后46次循环:95℃ 5 s, 60℃,43 s。融解曲线:63℃-95℃每0.5℃个温度梯度读板一次生成融解曲线,读板时间为2 s,每个样品3管重复。反应完成后,选择PCR base line substrated 模式进行数据分析和修正。以第四到第十五个循环荧光强度值标准差的十倍作为荧光阈值(Threshold value),确定不同处理间的Ct值(Cycle threshold)。对于不同处理间的Ct值用SPSS统计软件进行差异显著性分析,用内标Actin7(At5g09810)进行标准化,计算各处理与对照间的Ct差值,用公式A=(1+X)△C(T) 计算基因表达的变化倍数。其中A表示表达改变倍数,X表示PCR扩增效率。TA连接
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