宏基因組技术在开发未培养环境微生物基因资源中的应用.docVIP

宏基因组技术在开发未培养环境微生物基因资源中的应用 周双 摘要：环境微生物宏基因组是一个巨大的基因资源库,而人类对自然环境中约99%的微生物不能用传统的方法进行纯培养，因此,未培养微生物的基因资源开发利用受到限制。宏基因组技术直接提取环境样品总DNA, 避开了微生物分离培养的问题,极大扩展了微生物资源的利用空间。本文介绍了宏基因组的概念、研究方法包括DNA 提取、文库构建与筛选等及在定向筛选抗生素产生菌方面的应用。 关键词：宏基因组;未培养微生物；基因筛选 Application of metagenomic technique in the exploring of uncultured Environmental microbial gene resource Zhou Shuang Abstract: Microbialmetagenome is the largest gene reservoir in environment. It is known that about 99% microorganisms in natural environment couldn t be obtained their pure culture by traditional culture methods. Therefore, exploring uncultured microbial gene resource has been restricted. Metagenome libraries can be constructed by directly extracting DNA from environ- mental samples to avoid the limitations of culture dependent methods . Metagenomic technique has greatly enhanced the utilization of microbial resource. The notion and methods of study in m etagenome, including DNA extracting , libraries construction and screening, and application of metagenomic technique in the screening certain antibiotic microorganism producing strains were introduced in this paper. Keywords: Metagenome; Uncultured microorganisms; Gene screening 微生物世界是分子多样性最大的天然资源库，基于菌株水平的传统分离培养技术为人们认识微生物多样性提供了可能，但是传统的分离培养方法限制了认识微生物世界的视野。目前已知的微生物资源种类仅占实有总数的1%－10%，自然环境中超过 99%的微生物不能用传统的方法进行纯培养[1]，因而也不能对它们开展依赖于纯培养的生物技术或基础方面的研究。近年来发展起来的宏基因组学技术，它是通过直接提取特定环境中全部微生物的总基因组DNA并克隆到适宜的微生物宿主中，然后筛选出目的克隆与基因的方法。利用分子生物学的研究方法绕过纯培养技术来研究微生物的多样性及功能，提供了一种探知微生物多样性结构和功能基因组的免培方法，是一条寻找新基因及其产物的新途径。 微生物药物合成菌的定向筛选是指从众多的微生物菌种中筛选特定次生代谢产物产生菌的筛选方法。该方法目前多采用传统的药物筛选策略，从产生菌的种类、形态特征并结合目标化合物的活性进行筛选。已有的研究证实微生物次级代谢产物生物合成基因具有呈簇排列的特征，即与特定产物合成相关的结构基因、调节基因、耐药性基因和转运蛋白等集中位于染色体的一段连续区域[2]。经过科学家的努力，大量各类抗生素合成基因簇也得到了深入的研究，如聚酮类化合物的聚酮类化合物合成酶(PKS)生物合成基因簇[3]，井冈霉素生物合成基因簇[4]，南昌霉素生物合成基因簇[4]等等。这为微生物次级代谢产物药物的研究打下了坚实的基础。本研究结合土壤宏基因组技术和抗生素生物合成基因簇的研究结果，建立了一种快速从土壤环境中筛选特定类型抗生素合成菌的现代分子生物学筛选方法。 宏基因组学的发展历史 宏基因组( metagenome) 是由Handelsman等[5]提出的新名词， 其定义为 the genomes of the total microbiota found in nature，即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可