石蠟包埋淋巴组织中DNA提取方法的比较.docVIP

石蜡包埋淋巴组织中DNA提取方法的比较张淼 贺海燕 李晶 李燕 肖红燕 孙琪 王平 梁颖 简莉人(宁夏回族自治区人民医院病理科，银川 750021)宁夏自然科学基金项目：NZ09149[摘要] 目的 通过比较三种从石蜡组织中提取DNA的不同方法，寻找一种高效、经济而简便的方法指导实际工作。方法 选取结外淋巴组织增生性病变8例，采取三种方法提取DNA,分别是酚-氯仿提纯法，快速法和试剂盒法。通过检测提取DNA的浓度和纯度，PCR扩增效果，比较三种DNA提取方法的优劣。 结果试 剂盒法提取DNA OD260/280比值在1.91-1.96间；酚-氯仿提纯法OD值在1.32-1.68间；快速法OD值在1.19-1.36间。其中试剂盒提取DNA最为稳定。3种方法提取的DNA为模板行PCR扩增，阳性率无统计学意义。结论 快速法简单、无毒、需要的样品少，是一种值得推荐的DNA提取方法。[关键词]眼附属器 淋巴组织增生性病变 基因重排Comparison study of three DNA extraction methods from lymphoid paraffin-embedded tissues HeHaiYan ZhangMiao LiJin (ningxia hui autonomous region peoples hospital, pathologists yinchuan 750021) Ningxia natural science fund project: NZ09149[abstract] objective to seek an effective economic and simple DNA Extraction methods from Unbufered Fomalirr-Fixed and paraffin-Embedded tissue ,three chosen methods were employed in our study Methods 8 blocks of lymphoid tissue were used in the test. Three chosen methods respectively are simply digestion and boiling,phenol/chloroform purification, and commercial Kit methods results Conclusion 随着分子生物学的发展，对淋巴瘤的探讨已进入基因研究水平，基因重排克隆性分析技术已成为淋巴瘤诊断重要的辅助手段。而提取的DNA的质量将直接影响基因重排的结果。目前，石蜡包埋组织（PEF）是临床病理诊断中最常用且易获得的组织。PET中提取DNA的方法已有不少报道[1]。常用的方法包括酚-氯仿提纯法，试剂盒法和各种粗提法。还报道有一些简便快速的提取方法[2]。本研究通过对三种从PEF中提取DNA方法的比较，结合淋巴瘤基因重排检测，寻找一种适用于临床病理诊断的可靠、合理、经济、简便的方法。1.材料与方法1.1材料：1.1.1选择本院病理科2003-2011年间经10％中性福尔马林固定、石蜡包埋存档的结外B细胞淋巴瘤蜡块8例。对所有病例，均由两名高年资医师重新复核。所有病例均为结外B细胞淋巴瘤，其中1.1.2.PCR引物及反应条件：一致性V区引物(FR3A),J区引物(LJH,VLJH)由上海生工生物工程技术公司合成。引物序列[3]: FR3A:5’-ACACGGC（C/T）(G/C)TGTATTACTGT-3’；LJH:5’-TGAGGAGACGGTGACC-3’；VLJH:5’-GTGACCAGGGTNCCTTGGCCCCAG-3’。 内参照选用?-globin引物序列[4]。Tap酶由北京全式金近生物技术公司合成。反应体系：Template DNA 0.5μl，上下游引物各1μl,10 x buffer 5μ1.2．DNA提取方法快速法[5] : 每例标本在HE 切片对照下, 选取病变区域, 以消毒刀片挑取约6 mm ×3 mm ×0.5mm 大小的石蜡组织块, 小心置于0.2ml PCR 管中, 并加入1×PCR 缓冲液(20 mmol/L Tris-HCl,20mmol/L KCl, pH 9.0)50μL , 以加样枪头碎裂组织片。于水域箱100 ℃加热15 min, 13200 r/min 离心5min, 吸取蜡层与组织片之间的澄清液作为DNA 粗提产物, 不经纯化直接于-20℃保存, 每次PCR 反应取酚/ 氯仿提纯法：切取8～10μm 的组织切片4～5张,置于1.5ml 离心管中,加入200～250μl消化液,加入蛋白酶K(最终浓度为200μg/m