王镜岩生物化学课件第五章蛋白质的三维结构修改版2.ppt

对称性（点、线、面） 血红蛋白(hemoglobin)的四级结构 血红蛋白的四级结构 亚基的立体排布 四、四级缔合在结构和功能上的优越性 1. 增强结构稳定性 亚基缔合的一个优点是蛋白质的表面积与体积之比降低。结果是增强蛋白质结构的稳定性。 亚基缔合还可以屏蔽亚基表面上的疏水残基以避开溶剂水。 2. 提高遗传经济性和效率 编码一个将装配成同多聚蛋白质的单体所需的DNA比编码一条相对分子质量相同的多肽链要少。 3. 使催化基团汇集在一起 寡聚体的形成可使不同单体亚基的催化基团汇集在一起以形成完整的催化部位。 4. 使寡聚蛋白具有别构效应和协同性 多亚基蛋白质一般具有多个结合部位，结合在蛋白质分子的特定部位上的配体对该分子的其他部位所产生的影响(如改变亲和力或催化能力)称为别构效应。 具有别构效应的蛋白质称为别构蛋白质，除活性部位外还有别的配体(如效应物或调节物)的结合部位，称别构部位或调节部位。 协同性 别构效应具有协同性。 即一种配体（如底物）的结合对在其他部位的同种配体的亲和力的影响，这种影响一般是使亲和力加强，也即第一个配体的结合引起第二个、第三个……配体更容易结合。这样的同促效应被称为具有正协同性。如果第一个配体的结合导致第二个、第三个……更难结合，这样的效应则称为具有负协同性。 九.蛋白质的变性与折叠 1、蛋白质的变性：在某些物理或化学因素的作用下，蛋白质严格的空间结构被破坏（不包括肽键的断裂），从而引起蛋白质若干理化性质和生物学性质的改变，称为蛋白质的变性(denaturation)。 （1）变性蛋白质的特征： 物理性质： 旋光性改变 溶解度下降 沉降率升高 光吸收度增加 化学性质： 官能团反应性增加 易被蛋白酶水解 生物学性质： 原有生物学活性丧失 抗原性改变 （2）引起蛋白质变性的因素 物理因素： 高温、高压、紫外线、 电离辐射、超声波等. 化学因素： 强酸、强碱、有机溶剂、 重金属盐、去污剂、尿素 2.蛋白质变性的复性 复性的概念：变性蛋白在一定的条件下，恢复其原有的的空间结构与生物活性的过程称之。 影 响复性的因素： 变性的原因 蛋白质的种类 变性的程度 沉淀：蛋白质分子相互聚集而从溶液中析出的现象称为沉淀。 变性的蛋白质不一定沉淀， 沉淀的蛋白质不一定变性。 凝固：加热使蛋白质变性并凝聚成块状称为凝固。 核糖核酸酶的变性与复性 （三）分子伴侣 分子伴侣(chaperon)通过提供一个保护环境从而加速蛋白质折叠成天然构象或形成四级结构。 * 分子伴侣可逆地与未折叠肽段的疏水部分结合随后松开，如此重复进行可防止错误的聚集发生，使肽链正确折叠。 * 分子伴侣也可与错误聚集的肽段结合，使之解聚后，再诱导其正确折叠。 * 分子伴侣在蛋白质分子折叠过程中二硫键的正确形成起了重要的作用。 * Stop to ask questions: leave a moment for silence. Take Home Message: define secondary structure Next part of the talk will deal with what computational tools we can use for secondary structure prediction in proteins * * * 2. βαβ 它是由两段平行β折叠股和一段作为连接链的α螺旋组成，β股之间还有氢键相连，Rossman折叠 。 β折叠片的疏水侧链面向α螺旋的疏水面，彼此紧密装配(图5—29B)。作为连接链的除α螺旋外还可以是无规卷曲。 3. ββ 反平行β折叠片，在球状蛋白质中多是由一条多肽链的若干段β折叠股反平行组合而成，两个β股间通过一个短发夹环连接起来 β曲折(β—meander) 是一种常见的超二级结构，由氨基酸序列上连续的多个反平行β折叠股通过紧凑的β转角连接而成 二、结构域 (structural domain) 1. 结构域概念 多肽链在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，它是相对独立的紧密球状实体，称为结构域。 2.结构域的特点 （1）结构域是球状蛋白质的独立折叠单位。对一些较小的球状蛋白质分子或亚基来说，结构域和三级结构是一个意思。 例如红氧还蛋白，核糖核酸酶、肌红蛋白等。 2.结构域的特点 （2）对于较大的球状蛋白质或亚基，其三级结构往往由两个或多个结构域缔合而成也即它们是多结构域的，例如免疫球蛋白的轻链含2个结构域。 2.结构域的特点 （3）结构域有时也指功能域。功能域可以是一个结构域，也可以是由两个结构域或两个以上结构域组成，从功能角度看许多多结构域的酶，其活性中心都位于结构域之间