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3基于ODE分析
基于ODE分析 生化网络典型动力学行为 复习 数学模型 数学语言； 不是对象本身； 目的性 常微分方程模型 连续，确定性 空间均匀，时间依赖（平稳，非平稳） 数值方法 解析分析 稳态/稳定性， 相空间、参数空间，相平面分析，相图 matlab 开发/应用环境 数学函数库 编程语言 作图工具 数据导入（导出）、矩阵操作、作图、函数定义、函数操作… 适应：对信号变化作出短暂响应 前述都是单一稳态体系 R(S) 单值、单调函数 不可逆或具有磁滞性的体系 作业 磁滞性 体系处于那个状态，取决于其历史 (记忆体系） 负反馈：Homeostasis 负反馈：震荡网络 多稳态之间的震荡 * 参考文献： J.T. Tyson et al Current Opinion in Cell Biology 2003, 15:221–231 反应体系 ODE ? S R 稳态： R的生成与降解速率 线形放大器 反应网络 ODE: ? S R 稳态： 饱和响应 ? S R Goldbeter-Koshland’ function 速率曲线 响应曲线 开关 开关式响应 趋化性： 感受浓度梯度 Feed forward motif 可逆体系 体系的状态与体系的历史没有关系 带正反馈的不可逆开关 S小：速率曲线上有三个交点 S增加：--〉一个交点 体系多个稳态， 具有不同的稳定性 分析体系： 针对不同S（0，8，10）进行相平面分析。提供matlab计算作图程序。 用文字注释解释体系的不可逆性。 互抑制体系 Toggle switch ACTIVATOR-INHIBITOR NETWORK PHASE PLANE ANALYSIS PHASE DIAGRAM 底物消减震荡 * * *
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