生物信息学第十二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用..docVIP

第十二章 鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 Lincoln D. Stein Cold Spring Harbor Laboratory Cold Spring Harbor, New York 　 几年前，几张已经制成的人类基因组图谱还只是在小面积上的低分辨率图。生物医学研究者如果希望定位和克隆一个致病基因，总的说来就不得不对目的区域制图，而这是一个费时费力的过程。这种情况在近几年发生了巨大的变化。现在已经有了高质量的人类基因组基因图谱，它以单一序列重复多态性（Murray et al.,1994; Dib et al., 1996）为基础，提供分辨率达1－5Mb的图谱信息。此外，还有许多物理图谱分辨率在亚兆（sub-Mb）范围（参见Hudson et al.,1995; O’Connell et al.,1996，及其它）。长约16000的表达序列的图谱现在也可以得到。利用这些图，一个研究者，在很多情况下，可以只集中研究一个选定区域，用几个小时来搜索公用图谱数据库，而不是用几个月时间做实验了。 令人啼笑皆非的是，研究者的困难现在已经从基因组制图转到了使用一个巨大的未知领域。它包括www站点，FTP（文件传输协议File Transfer Protocol）服务器和数据库。其中有大型数据库，如NCBI Entrez和GDB。也有小型数据库，可以提供由基因组中心发表的初级图谱、