第11章 微生物的分类.pptVIP

第十一章微物的分类和鉴定 第一节 分生类概述 微生物分类学： 二、分类原则 三、分类目的 第二节 进化的测量指征 （一）挑选大分子的原则： （二）rRNA作为进化指征的理由 （三） rRNA序列测定和分析方法 二、系统发育树 三、三界生物的由来 第三节 细 菌 分 类 常用的细菌分类术语 二. 微生物的命名 （二） 命名模式及其指定 （三） 新名称的发表 三、细菌分类和伯杰氏手册 第四节 微生物分类鉴定的特征和技术 （二）生理生化特征 二、血清学试验与噬菌体分型 （二）噬菌体分型 三、氨基酸的顺序和蛋白质的分析 四、核酸的碱基组成和分子杂交 （二）核酸的分子杂交 （三）电子杂交 蛋白质是基因的产物，蛋白质的氨基酸顺序直接反映mRNA顺序而与编码基因密切相关。 因此，可以通过对某些同源蛋白质氨基酸顺序的比较来分析不同生物系统发育关系，序列相似性越高,其亲缘关系愈近。因此可以根据蛋白质的氨基酸序列资料构建系统发育树和进行分类。 比较DNA和碱基组成和进行核酸分子杂交，是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。 亲缘关系近的生物,它们应该具有相似的G+C含量。现有数据表明: 高等植物的G+C含量范围大约35%～50%之间； 原核生物中G+C含量变化幅度宽达22%～80%； 脊椎动物G+C含量约35%～45%之间； 这足以表明原核生物是一个极其多样性的类群。 （一）DNA的碱基组成[(G+C)%] 目前,虽然还没有一个统一的界定各级分类单元的G+C含量标准，但大量资料表明： 同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4%～5%以下； 同属不同种的差别在10%～15%，通常底于10%。 所以G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基特征，它对于种、属甚至科的鉴定有重要意义。 生物的遗传信息以（遗传密码）形式线性的排列在DNA分子中，不同DNA碱基排列顺序的异同直接反映这些生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系越近，反之亦然。 * 第一节 概述 第二节 进化的测量指征 第三节 细菌分类 第四节 微生物分类鉴定的特征和技术 科学家估计有分类纪录的各类物种大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。微生物学工作者要认识、研究和利用微生物或控制有害微生物，必须对它们进行分类（classification）。 分类学是由三个关系极为密切并交织在一起的要素组成，这三个要素就是分类、命名和鉴定。 分类(classification)是把单位(unit)归纳为群(group)，并严格按顺序加以排列。 命名(nomenclature)是给予在分类中被定义的单位以名称。 鉴定(identification)是把在分类中未知的生物体进行定义并加以命名的过程。 一、分类的概念 即对各个微生物进行鉴定，按分类学准则排列成分类系统，并对已确定的分类单元进行科学命名的科学。 1.根据表型(phenetic)特征的相似成分分群归类，这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标； 2.按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统发育的分类系统。 以进化论为指导思想的分类学，其目的已经不仅仅是物种的识别和归类，而是通过追溯系统发育来推断进化谱系，这样的分类学也称之为生物系统学(syatematics)。 一、进化指征的选择 根据形态学特征推断生物之间的亲缘关系存在两个突出问题： 一是由于微生物可利用的形态特征少，很难把所有生物放在同一水平上进行比较； 二是形态特征在不同类群中进化速度差异很大，仅根据形态推断进化关系往往不准确。 1.它必须普遍存在于所研究的各个生物类群中 2.选择在各种生物中功能同源的大分子 3.所选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进一步的分析比较 4. 注意根据所比较的各类生物之间的进化距离来选择适当的分子序列。 大量的实验研究表明：在众多的生物大分子中，最适合于揭示各类生物亲缘关系的是rRNA，尤其是16SrRNA。16SrRNA所以被普遍公认是一把好的谱系分析的“分子尺”，这是因为： 1.rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中，其功能保持不变；