中科大MS2案例.pptVIP

* 按住Ctrl键，选中所有的O原子。 在quartz_alpha.xsd的3D Viewer上单击右键，选中Display Style，将O原子的颜色改为 * 同样，按住Ctrl键，选中所有的Si原子。 在quartz_alpha.xsd的3D Viewer上单击右键，选中Display Style，将Si原子的颜色改为 * 从Windows 菜单中选择Tile Vertically 将两个结构横向平铺。转动方向，使二者取向尽可能相近，以便比较结构。由右图可见，晶胞外有O原子。 * 在my_quartz_alpha.xsd上打开Display Style ，在Lattice 栏中，从Style 下拉菜单中选择In-Cell，则晶胞外的原子都会被去除，两个结构现在都以同一格式显示。 注意：也可以使用Build 菜单下的Crystal 的Rebuild 命令来进行。 * Materials Studio 提供了 3D Atomistic Collection documents ，在这样的文件中，可以显示几组原子或分子，组与组之间无作用。用于晶体与晶体之间、分子与分子之间结构的比较。 * File / New... 打开 New Document 对话框，选中 3D Atomistic Collection ，单击 OK 按钮。 * 在 Project Explorer中，选中 my_quartz_alpha.xsd ，单击右键，选择 Insert Into 。则my_quartz_alpha.xsd 结构出现在3D Atomistic Collection.xod中。 对 quartz_alpha.xsd重复此操作。这样my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd两个结构都出现在3D Atomistic Collection.xod中。 * 在3D Atomistic Collection.xod中， 可用键盘上的上、下、左、右键转动这个重叠结构，从多个角度观察二者是否重合。由下图可见，两个版本的结构一致。 * 同样，将my_quartz_alpha.xsd和TON.xsd两个结构都放在3D Atomistic Collection.xod中。由下图可以看出，二者结构不重合。 * 保存文件 File / Save Project 关闭窗口 Window / Close All 七. 建造聚甲基丙烯酸甲酯 目的: 介绍聚合物建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project 引言 聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)是一种重要的商业热塑性材料，在玻璃、上光等行业有重要应用。生产上通常使用过氧化物(或含氮的前驱物），或者通过加热、光化学引发，通过甲基丙烯酸甲酯自由基的聚合反应，合成聚甲基丙烯酸甲酯。在这个例子中，将使用MS 的聚合物建模工具来构造全同立构PMMA 的20 个基体，进而进行结构和性质的模拟和研究。 注意MS Modeling 允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block copolymers)、无规共聚物(random copolymers)和多分叉枝晶聚合物(dendrimers)。 内容 1. 构造全同立构PMMA 2. 选择并且标记一个单独的重复单元 3. 研究结构 1. 构造全同立构PMMA * 选择Build 菜单中Build Polymers 下的Homopolymer。均聚物对话框出现。 * 在Polymerize 栏单击Library 下拉菜单，找到acrylates。在Repeat Unit 下拉菜单选择methyl_methacrylate， * 现在检查Tacticity 下拉菜单。 注意：在立构规正度(Tacticity)中包括了等规立构(Isotactic)、间规立构(Syndiotactic)和无规异构(Atactic)三种。此时选择等规立构(Isoactic)。 * 接下来在Chain Length 中输入20。 * 在Advanced 栏中，将Torsion 设定为60。现在已经在软件中设置好了参数，可以构造一个具有20个重复单元的全同PMMA 分子。单击Build 就可以产生一个新的Polymethyl_methacrylate.xsd 文档，其中包括了20 元PMMA 聚合分子。 * 按下Sketch 工具栏上的Clean 按钮 ，将获得更合理的几何结构。 一般地，需要更进一步的几何优化，例如使用Forcite 模块中的能量最小化功能。 2. 选择并且标记一个单独