《clustalx的应用讲解.pptVIP

Clustalx简介 Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx（clustalw的PC版本）等。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Clustalx的工作原理 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到进化分析中 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 数据的输入 1.输入输出格式。 ---输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 ---输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 2.注意： ---需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中，选择load载入；也可以分别保存，选择append分条载入（此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列）。 ---文件中每条序列必须以“”号和注释开头，序列部分则另起一行，其中注释部分就是软件操作过程中序列的标识。 ---clustal软件及相关的序列文件要保存在纯英文文件夹下，否则无法载入序列。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 实例操作： Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Step1 clustalx的下载 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspo