《第七讲差异表达分析.pptVIP

第七讲 Quantile Normalization 使每张芯片/通道的强度值有相同的分布(intensity distribution) Quantile normalization R语言和bioconductor 差异表达基因分析 单张cDNA芯片差异表达基因 差异表达基因分析 基因表达谱芯片实验的主要目的之一是发现两个样本间差异表达基因。 通常采用基因在实验组和对照组中信号的比值作为衡量基因在两种状态下基因的表达差异，在双色荧光系统中，用Cy5/Cy3的比值来衡量基因的表达差异，也称表达差异值。在Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用单色荧光标记的方式，实验组和对照组分别用两张芯片进行检测，表达差异值即为两张芯片的信号比值。 噪声和芯片本身的一些因素以及生物学本身的特点给筛选差异表达基因带来了很大的麻烦。必须设定一个差异表达基因的判定标准。这个筛选的标准就称为差异表达基因的阈值。 倍数法 倍数法 倍数法是比较常用的一种方法，因为比较简单和直接。 但是，这种方法也是有其重大缺陷的。比如，在某个实验中，基因表达水平的变化不大，如果选择判别域值为2倍，则有可能找不到几个差异表达的基因，假阴性率比较高。但如果是主观缩小判断域值，又有可能增大假阳性率。 这一方法没有考虑到差异表达的统计显著性。 Z值法 在一张cDNA芯片上一般都点了很多基因，其实这些基因中只有很小一部