第六章 分子系统发生分析.ppt

第六章 分子进化与系统发育分析 Ka/Ks：计算及含义 1. Ka：每个非同义位点的非同义替代数目； 2. Ks：每个同义位点的同义替代数目； 3. 一般计算公式：考虑序列上所有可能的同义位点(S)和非同义位点(N)，通过双序列比对发现存在的同义位点(Sd)和非同义位点(Nd)，存在： 第二节 系统发育树的构建 1. 系统发育树：分子进化树/分子进化分析… 2. 通过进化树的构建，分析分子之间的起源关系，预测分子的功能； 3. 建树方法： A.距离法(distance-based methods); B. 最大简约法(Maximum Parsimony)； C. 最大似然性法(Maximum Likelihood); 无根树，有根树，外群 系统发育树重建分析步骤 系统发育树重建的基本方法 1.距离法(distance) 2.最大简约法(maximum parsimony,MP) 3. 最大似然法(maximum likelihood,ML) 1. 距离法 又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 通过距离矩阵建树的方法 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： (1) Fitch-Margoliash Method（FM法）: 对短支长非常有效；