1基因与基因组学.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 基因功能研究 1、计算机预测基因功能（生物信息学） 依据仍然是同源性比较。同源基因拥有一个共同的祖先基因，它们之间有许多相似的序列。 种间同源基因 种内同源基因 * 基因功能研究 2、实验确认基因功能 基因克隆 基因敲除（knock-out） 基因的超表达 反义RNA技术 RNAi 转座子插入突变 * 反义RNA（antisense RNA）技术 * 蛋白质组学（proteomics） 鉴定蛋白质的产生过程、结构、功能和相互作用方式 * 不同于基因组是由DNA——只含有4种碱基的简单线性分子组成，蛋白质是一种由20种氨基酸的不同成分组成的复杂结构，而且更重要是由于不存在度量修饰蛋白质种类的尺度，人们也许永远不能像确定基因组核苷酸序列那样，准确地统计出生物体内蛋白质组的蛋白质总数，更别提各种蛋白修饰手段。? * 目前在蛋白质组学中采用的手段，如双向电泳，质谱分析等等，还仅仅是初略的，较为宏观的分析，实验上机体内存在的蛋白质数量远远不止一个双向电泳胶上那些点。而且蛋白质的变化更是难以捉磨。有些蛋白的功能与其表达量有关，而有些则是与其磷酸化、乙酰化或甲基化有关，而与量关系并不大，而现有的研究手段来说，对于分清哪些蛋白质在疾病或症状中取到主要作用，其研究复杂程度远远高于功能基因组学，而且成本也非常高。目前的研究仅仅提供一些初步的认识和结果，或者说，现有的手段仅仅是传统的蛋白质表达研究的延伸和强化，还算不上真正意义上的蛋白质组学的研究。 而更为复杂的，细胞内蛋白质构成了复杂的信号网络，这种网络相互作用，构成的网络图谱的形式更是千千万万。网络之间的相互影响不是线性的，而是立体的！现有的一切研究手段还不能对信号的定量，定位有很好地阐述。现有的蛋白质组学，可以称为是结构蛋白质组学的研究，还没有达到功能性蛋白质组学水平，更没有达到网络蛋白质组学层次。 但对于将来而言，解决细胞内的信号的定位，cascade，定量的传导，以及信号网络间的相互作用关系这是研究的重点，只有彻底了解到蛋白质分子的定量，定位，以及时间性三个因素，我们才能真正意义上了解蛋白。? * 基因组学的未来建立在人类基因组计划的基础上 * 人类基因组学还需要从横向纵向多方面延伸，从2006年国际人类基因组大会的内容就可以一瞥这种趋势：在芬兰首都赫尔辛基举行的国际人类基因组大会议题就包括了表观基因组、感官遗传学、个人基因组、RNA干扰、比较基因组学、基因组的多样性和差异性、肿瘤基因组学、综合性疾病基因学等等内容。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * SNP自身的特性决定了它更适合于对复杂性状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究： 1、?? SNP数量多，分布广泛。据估计，人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP，人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs。SNP 遍布于整个人类基因组中，根据SNP在基因中的位置，可分为基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs）、基因周边SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs）以及基因间SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三类。 2、? SNP适于快速、规模化筛查。组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。 由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。 3、? SNP等位基因频率的容易估计。采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略。该策略的原理是：首先选择参考样本制作标准曲线，然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较，根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率。 4、? 易于基因分型。SNPs 的二态性，也有利于对其进行基因分型。对SNP进行基因分型包括三方面的内容：(1)鉴别基因型所采用的化学反应，常用的技术手段包括：DNA分子杂交、引物延伸、等位基因特异的寡核苷酸连接反应、侧翼探针切割反应以及基于这些方法的变通技术；(2)完成这些化学反应所采用的模式，包括液相反应、固相支持物上进行的反应以及二者皆有的反应。(3)化学反应结束后，需要应用生物技术系统检测反应结果。 * * 2. 限制性片段长度多态性 （restriction fragment