第十一章 微生物的分类和鉴定.ppt

三域学说及其生物进化谱系树 第四节 微生物的鉴定 主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册 鉴定技术的不同水平： 细胞的形态和习性 细胞组分水平 蛋白质水平 基因或DNA水平 数值分类法 即统计分类法，在200年前M. Adanson（1727~1806，法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的。 主要观点： 在一个分类群中，其所含信息量越大，即分类所依据的性状越多，其分类效果也越好； 顺序建立自然分类单元时，每个性状都是等权的； 任何两分类实体间的整体相似性，都是由每一对的相似性计算而来的；能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体； 数值分类的基本步骤 计算两菌株间的相似系数 Ssm = SJ = 列出相似度矩阵 将矩阵图转换成树状图 分子杂交可在DNA与DNA、RNA与RNA或RNA与DNA的二条单链之间进行。 用分子杂交进行定性或定量分析的最有效方法是将一种核酸单链用同位素或非同位素标记成为探针，再与另一种核酸单链进行分子杂交。 3.电子杂交 随着微生物基因信息，特别是全基因组完全测序的不断增加，我们可以通过各种计算机软件对不同物种的遗传信息进行直接比较，从而分析不同微生物间的亲缘关系。 如果给予有关进化途径和机制的某些假定，可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论； 分类学应作为一门经验科学来看待和实践； 数值分类学是以表象相似性为基础的。 a+d a+b+c+d a a+b+c * * 第十一章 微生物的分类和鉴定 定义：按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。 任务： 分类 鉴定 命名 分类：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。 (根据现有数据建立系统的过程) 鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程) 命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 (分类系统建立过程中的步骤之一) 第一节 通用分类单元 种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division） 纲 Class 目 Order 科 Family 属 Genus 种 Species 种的概念 定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株（type strain)作为具体标本，它就是该种的模式种(type species)。 在Bifidobacterium bifidum的大量菌株中，只有“ATCC 29521”菌株才是模式种。 新种（ sp.nov.或nov. sp.） ：是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。 新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号。 我国学者筛选到的Corynebacterium pekinense sp. Nov AS1.299(北京棒杆菌） 新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。 微生物的命名 学名：菌种的科学名称。 命名原则： 双名法（binominal nomenclature) 学名=属名+种的加词+（首次定名人）+ （现名定名人和鲜明定名年份）----一般省略 属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 大肠杆菌： Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示. 例如 Bacillus sp 三名法(trinominal nomenclature) 当某种微生物是一个亚种（subspecies,subsp)或变种(variety,var)时，学名就按三名法拼写，即： 学名=属名+种名+符名subsp 或var+亚种或变种的加词 苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria 酿酒酵母椭圆变种 Saccharimyces cerevisiae (var) ellipsoideus 亚种以