第四章 基因组学及基因组工程.ppt

第四章 基因组学与基因组工程 §1 基因组学概况 §2 基因组图谱的构建 §3 功能基因组学 §4 主要生物基因组研究进展 §5 基因组工程 §6 生物芯片 §1 基因组学概况 基因组学（genomics） 1986年提出，至今20年，已经发展成为遗传学中最重要的分支学科。 研究基因组结构和功能的科学。包括对所有基因进行基因组作图(包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱)，核苷酸序列分析，基因定位和基因功能分析。 基因组学研究的最终目标 获得生物体全部基因组序列（结构基因组学） 钓鱼与涸泽而渔 鉴定所有基因的功能（功能基因组学） 明确基因之间的相互作用关系 阐明基因组的进化规律 几个代表物种的基因组大小 基因组学的研究内容 结构基因组学(structural genomics) 功能基因组学(functional genomics) 结构基因组学（structural genomics） 基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列 功能基因组学（functional genomics） 又称后基因组学（postgenomics) 基因的识别、鉴定、克隆 基因结构、功能及其相互关系 基因表达调控的研究 §2 基因组图谱的构建 基因组计划的主要任务是获得全基因组序列 但是，现在的测序方法每次只能测800～1000bp 大量的测序片段要拼接 要知道序列在Chr上的位置才能正确拼接 基因组计划的第一个环节： 构建基因组图谱 基因组图谱 遗传图谱（genetic map）：是以具有多态性的遗传标记作为“位标”，以遗传学距离为“图距”的基因组图。 物理图谱（physical map）：是利用限制性内切酶将染色体切成数个片段，根据重叠序列把片段连接成染色体，确定遗传标志之间物理距离[碱基对(bp)或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)]的图谱。 序列图 （Sequence map）：整个物种基因组的DNA序列图(最详尽的物理图)。 转录图谱（transcription map ）：由基因转录本mRNA反转录建立cDNA文库，通过cDNA克隆测序得到基因组的表达序列图谱。 遗传图谱（genetic map） 采用遗传分析的方法将基因或其它 DNA序列标定在染色体上构建连锁图。 遗传标记（Genetic marker）: 通常将可识别的“等位基因”称为遗传标记； 形态标记 形态性状：株高、颜色、白化症等 又称表型标记 数量少 很多突变是致死的 受环境、生育期等因素的影响 最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、翅膀的形状等形态性状作为标记，分析它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的。 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。 果蝇连锁图 细胞学标记 明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征 染色体的核型 染色体的带型 染色体的结构变异 染色体的数目变异 优点：不受环境影响 缺点：数量少、费力、费时、对生物体的生长发育不利 生化标记 又称蛋白质标记 就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。 如：同工酶、贮藏蛋白 优点：数量较多，受环境影响小 缺点：受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息 DNA分子标记 简称分子标记 以DNA序列的多态性作为遗传标记 优点： 不受时间和环境的限制 遍布整个基因组，数量无限 不影响性状表达 自然存在的变异丰富，多态性好 多数共显性，能鉴别纯合体和杂合体 限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） DNA序列能或不能被某一酶酶切，相当于一对等位基因的差异。 如有两个DNA分子（一对染色体），一个具有某一种酶的酶切位点，而另一个没有这个位点，酶切后形成的DNA片段长度就有差异，即多态性。 可将RFLP作为标记，定位在基因组中某一位置上。 人类基因组中有105个RFLP位点，每一位点只有两个等位基因。 RFLP分析 RFLP标记位共显性标记 微卫星（microsatellite）标记 微卫星又称为简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）。 这种重复序列的重复单位很短，常常只有2个、3个或4个核苷酸 如一条染色体TCTGAGAGAGACGC 另一染色体TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC，就构成了多态性。 遗传图谱的构建方法 理论基础: 连锁与交换 基本方法: 两点测验法和三点测验法 植物遗传图谱的构建 选择研究材料（亲本） 构建分离群体 遗