lammps初学者in文件中文解析.doc

Lammps初学者——in文件 （1）初始化 Units： Dimension： Boundary： Atom-style： Delete-atoms： Pair-style： （2）原子定义 1、 Read-data/read-restart： 2、 Lattice： Region： Create-box： Create-atoms： reate_atoms type style args keyword values ... （3）设定： 力场系数 Pair-coeff： 模拟参数 Neighbor Neighbor-modify： Group Timestep： Timestep是定义模拟的时间步长。 Timestep dt Dt为时间步长（时间单位），默认为1ps Reset-timestep： Fix Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。 /doc/fix.html Fix ID group-ID style args ID=指定的操作名称编号（如1、2、3…….） Group-ID=制定操作范围的原子（如all……） Style=操作内容，如何操作 Args=相关操作内容的相关操作参数 Fix-nvt：恒定N（原子数量）、V（体积）、T（温度）对时间积分 Fix-npt：恒定N、P、T对时间积分 Unfix： Compute/compute-modify： 输出选项 Thermo/doc/thermo_style.html） Thermo_style style args Style=one、multi、custom Args=特定的参数列表 One args=none Multi args=none Custom args=list of attributes Possible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、 Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、 Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、 Emol、elong、etail、 Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、 Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、 Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、 Fmax、fnorm、 Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、 c_ID、c_ID[I]、c_ID[I][J]、 f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、 V_name Dump： Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。 Dump ID group-ID style N file args ID：自己给这个dump命令定义的一个代号（自定义） group-ID：那些信息需要被输出的原子群（预先定义好group） Style：类型 N：每经过多少时间步输出信息 File：输出名称 Args：相关参数（每个类型不同） Restart： （4）运行 Run Minimize： 例一 units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数 print the number of atoms system energy now are $N $E # 打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子 min_style sd # 能量最小化模式，sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深 print interstitial introd