生物信息学第五章核酸序列教案.pptVIP

分析实例演示 Target Sequence：NM_000207 a、确定ORF和非编码区序列 /gorf/gorf.html b、ORF区预测外显子和内含子 / c、计算ORF区的GC含量和核苷酸频率，包含单联、双联 软件：lasergene（DNAstar） d、对非编码区进行启动子预测（转录调控元件） http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ /seq_tools/promoter.html e、对ORF的前100bp进行RNA二级结构预测 http://www.genebee.msu.su/ f、利用密码子偏向性将ORF区域翻译成蛋白质序列（偏向性自选） 作业？ 基因预测 开放读码框 GENSCAN GenomeScan GeneMark GLIMMER 基因结构分析 内含子/外显子剪切位点 NetGene2 Spidey 选择性剪切 ProSplicer Spidey 转录调控序列分析 启动子/转录起始位点 DBTSS PromoterScan CpG岛 CpGPlot 转录终止信号 Hcpolya 序列组分分析 GC含量 cgview 密码子偏好性使用 CodonW 限制性核酸内切酶位点 NEBcutter 核苷酸序列分析软件 CpG Island 分析 CpG Island /cpgislands2/cpg.aspx Web CpG finder /berry.phtml?topic=cpgfindergroup=programssubgroup=promoter Web CpGPlot/CpGReport/Isochore http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html Web 生物软件网 / 国产软件 七、外显子和内含子分析 外显子：结构基因中编码蛋白质的序列称为外显子。 内含子：结构基因中不编码蛋白质的序列称为内含子。 外显子和内含子存在于真核生物中，原核生物多以间隔序列出现。 外显子和内含子的角色可以相互转化。 Exon 1 Exon 3 I I I I Exon 2 5`UTR 3`UTR Splicing Exon 1 Exon 3 Exon 2 Exon 1 Exon 3 Exon 2 Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 2 Exon 1 Exon 3 原理： 外显子和内含子的预测是基于RNA的剪切原理进行的。RNA splice的保守序列是“GU-----AG”，即内含子的5`端是GU，3`端是AG。当然其附近的序列也是有规律的，但没那么保守。 方法： 1、Augustus：功能强大(http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/)，需要Linux操作系统，并且要下载安装。 2、SplicePort：功能较全面（ / ） 3、GeneSplicer：针对Plasmodium falciparum、A.thaliana、human、Drosophila、 and rice 4、NetGene2只针对human、C.elegans、A.thaliana 5、MaxEntScan：只针对human 剪接连接点（splicing junctions)是指在切断和重接位点处的两旁的顺序。 在内含子左侧的连接点称为供体（donor)。 在内含子右侧的称为受体（acceptor)。 Genescan工具 /GENSCAN.html 结果返回到邮箱（可选） 提交序列 提交序列文件 运行GENSCAN 选择物种 显示氨基酸或CDS序列 序列名称（可选） 是否显示非最优外显子 基因、外显子及类型 正链、负链 预测单元起始、终止及长度 相位 编码区打分值 可信概率、得分值 GENSCAN输出结果：文本 GENSCAN输出结果：图形 exon1 exon5 exon4 exon3 exon2 提交待分析序列 提交同源蛋白质序列 运行GenomeScan Genomescan工具 /genomescan.html GenomeScan输出结果：文本 预测外显子位置、可信度等信息 同源比对信息 预测结果氨基酸序列 GenomeScan输出结果：图形 外显子、内含子剪切位点识别：NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 mRNA剪切位点识别：Spidey NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cD