生物序列图形表示及系统发生的分析论文.docx

大连理工大学硕士学位论文摘要本世纪是生命科学发展的一个关键时期，生物信息学是２１世纪自然科学的核心领域之一。它的研究内容是非常丰富的，目前在某些方面的研究已经取得了重要进展，但是至今还有许多没有得到解决的问题。本文主要涉及生物序列的图形表示以及系统发生分析。生物序列的图形表示是生物信息学的一个重要课题。图形表示的方法是多种多样的，本文只介绍了几种比较典型的生物序列的二维、三维图形表示。系统发生分析的传统用途是揭示物种之间的进化关系，新用途是分析基因家族以及追溯特定基因的进化历史，也可以对了解基因组进化做出贡献。本文介绍了系统发生分析的有关知识，并提出了构造进化树的一种新方法。本文的主要内容包括以下几个方面：在第一章，介绍了生物信息学的基础知识。本文后面要用到的术语大多数在这里都有简单的论述。在第二章，介绍了几种比较典型的生物序列二维、三维图形表示，并对于图形做出了一些优点和缺点的评述。在第三章介绍了系统发生树的有关知识，并且利用２０个物种的线粒体的全基因组序列，提出了一个构造进化树的新方法，并对其进行了比较说明。在第四章， 论文的总结。关键词：生物信息学；生物序列；图形表示；系统发生分析生物序列的图形表示及进化分析Ｔｈｅ Ｇｒａｐｈｉｃａｌ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ Ｏｆ ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ＡｎａｌｙｓｅｓＡｂｓｔｒａｃｔＴ１１ｉｓ ｃｅｎｔｕｒｙ ｉｓ也ｅ ｋｅｙ ｐ甜ｏｄ ｏｆ ｌｉｆｅ ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ａｎｄ ｂｉｏｉｎｆ．ｏｍ撕ｃｓｄｏｍａｉｎｓ ｏｆ ｎａ＿ｔｕｒｅ ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｉｎ ｔｈｉｓ ｃｅｎｔｕｒｙ．Ｔｈｅ ｃｏｎｔｅⅡｔ ｏｆ ｂｉｏｍｆｏｒｎｌａｔｉｃｓ ｉｓｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｃｏｒｅｅＩｌｒｉ幽ｅｎｔ，ａｔ出ｅ ｐｒｅｓｅｎｔ ｔｉｍｅ，ｓｏｍｅ ｆｉｅｌｄｓ ｈａｖｅ ｇｏｔ ｇｒｅａｔ ｐｒｏ笋ｅｓｓ，ｂｕｔｍ趾ｙｐｒｏｂｌｅｍｓｒ锄ａｉｎｔｏ ｂｅｓｏｌｖｅｄ．ＴＭｓ ｔｈｅｓｉｓ ｃｏｎｃｅｍｓ ｍｅ ｍｅｍｏｄｓ ｏｆ寥ａｐｈｉｃａＩｒｅｌｍｓｅｎｔａｔｉｏｎｏｆ ｂｉｏ—ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｌｌｄｐ＿ｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｔｈｅ擎ａｐＫｃａｌｒｅｐｒｅＳｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆｂｉｏ—ｓｅｑｕｅｎｃｅＳ ｉｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎ“躲ｋ证ｂｉｏｉＩｌｆ０ＩＩｎａｔｉｃｓ．Ｔｈｅｒｃ８ｒｅｍａＩｌｙ ｈｎｄｓ ｏｆ ｍｅｍｏｄｓ ｉｎ Ｆａｐｈｊｃａｌ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｈｅｒｅ ｗｅ ０１１ｌｙｉ曲∞ｄｕｃｅｓｏｍｅｔｙｐｉｃａ王２Ｄ，３Ｄ ｇｒａｐｌｌｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅ ｔｒａｄｉｔ至ｏｎａｌｐｕｒｐｏｓｅｏｆｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ孤ａｌｙｓｅｓｉｓｔｏｉｎｄｉｃａｔｅｔｌｌｅｅｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｏｆｓｐｅｃｉｅｓ，ａｎｄｍｅｎｅｗｕｓｅｏｆｉｔｉｓｔｏ ｃａｓｔｂａｃｋｔｈｅ ｅｖ０１ｖｅｍｅｎｔ ｏｆⅡｌｅｇｉｖｅｎ ｇｃｎｅ．Ａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ孤ａｌｙｓｅｓｃａＩｌａｌｓｏｍａｋｅｃｏ础ｂｕｔｉｏｎｓｏｎｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｒ培ｔ１１ｅｅｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ．Ｔｈｅ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ｗｏｒｋｉｓ ｔｏｉｍｍｄｕｃｅ ｔｈｅ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ ｏｆ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ａｎｄ ｐｒｏｐｏｓｅａｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｃｏｎｓｔｍｃｔｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ蜘ｅｅ．Ｔｈｅｎ ｗｅ ｄｒａｗａ１１ａｌｙｓｉｓ．ａｎｅｗ ｐｈｙｌ０誉ｍｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ａｎｄ ｍ础诧ｓｏｍｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ａｎｄＩｎ Ｃｈａｐｔｅｒ １，ｗｅ咖ｄｕｃｅ ｓｏｍｅ ｂａｓｉｃ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ ｏｆｂｉｏｉｎｆｏ肋ａｔｉｃｓ．ＭｏｓｔＴｈｅ ｍａｉｎ ｃｏｍｅｍｓ ｏｆｔｈｉｓ ｍｅｓｉｓ ａｒｅ ｌｉ啦ｄ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ：ｏｆｔｔｌｅ ｔｅｎｎｓ蛐ｄ ｃｏｎｃｅｐｔｓｕｓｅｄ ｉｎ ｔｌｌｉｓ ｔｌｌｅｓｉｓａｒｅｅｘｐｌａｉｎｅｄ ｂｒｉｅｎｙ ｈｅｒｅ．１１１ Ｃｈａｐｔｅｒ ２，ｗｅ ｉｎ廿ｏｄｕｃｅ ｓｏｍｅ ２Ｄ，３Ｄ口ａｐ椅ｃａＩ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｓ ｏｆｂｉｏ—ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄｍａｋｅ ｓｏｍｅ ｃｏｍｍｅｎｔｓｏｎｔｈｅｓｅ ｍｃ也ｏｄｓ．ＩｎＣｈａｐ恤３，ｗｅｉｎ廿ｏｄｕｃｅ ｔｈｅｋＩ删ｌｅｄｇｅ ｏｆ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ跚础ｙｓｅｓ ａｒｄ ｐｒｏｐｏｓｅａｎｅｗｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｃｏｎｓｍＪｃｔｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ由ｒｅｅ．Ｔｈｅｎ，ｂ船ｅｄｏｎｔｈｅ ２０ｍ仍ＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｗｅ ｄｒａｗａｎｅｗｐｈｙｌｏｇｅｎｅｄｃ仃ｅｅ ａｎｄ ｍａ