引物设计流程..docVIP

2010级动科2班 杨教童 222010328210151 1.引物设计的原理和步骤 PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的寡核苷酸片段，其中在扩增的DNA片断5端的引物对应于有意链 DNA序列，3端的引物对应于无意链DNA序列，使其能有效地扩增模板 DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到 PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基，扩增片段长度为100~600碱基对。 Primer Premier 5.0 软件设计两对引物 （1）在网页上找到要制作引物的一段序列，最好在1000左右，比如： ORIGIN 1 atgaatccaa atcaaaagat aataacaatt ggttctgttt ctctcatcat tgccacaata 61 tgtttcctta tgcaaattgc tatcctagta actactgtaa cattacattt caagcagcat 121 gactacaact cccccgcaaa caaccaagca atgctgtgta aaccaacaat aatagaaaga 181 aacacaacag agattgtgta tttgaccaac accaccatag agaaagaaat atgccccaaa 241 ctagtagaat atagaaactg gtcaaagccg caatgtaaca ttacagggtt tgcacctttt 301 tccaaggaca attcaattcg gctttctgct ggtggggaca tctgggtgac aagagaacct 361 tatgtgtcat gcgatcctga caagtgttat caatttgccc ttgggcaggg aacaacatta 421 aacaacggac attcaaataa cactgtacat gataggaccc cttatcgaac cctattgatg 481 aatgaattgg gtgttccatt tcatttagga accaggcaag tgtgcatggc atggtccagc 541 tcaagttgtc acgatggaaa agcatggctg catgtttgta taactgggga tgatagcaat 601 gcaacagcta gcttcattta caatgggagg cttgtagata gtattggttc atggtccaaa 661 aatatactca gaacccagga gtcggaatgc gtctgtatca atggaacctg tacagtagta 721 atgactgatg ggagcgcttc aggaaaagct gatactaaaa tactattcgt tgaggagggg 781 aagatcgttc atgttagcac attgtcagga agtgctcagc atgttgagga gtgctcctgt 841 tatccacgat ttcctggtgt cagatgtgtc tgcagagaca actggaaagg ctccaatagg 901 cccatcgtag atataaatgt aaagaattat agcattgttt ccagttatgt atgctcagga 961 cttgttggag acacacccag aaaaggcgac agcgtcagca gtagttattg cctagatcct 1021 aacaatgaga aaggtggtca tggggtgaaa ggctgggcct ttgatgatgg aaatgacgtg 1081 tggatgggaa ggacaatcaa cgagacgtta cgcttaggtt atgaaacctt caaagtcatt 1141 gaaggctggt ccaaagctaa ctccaaatta cagacaaata gacaagtcat agttgaaaag 1201 ggcgacaggt ccggttattc tggtattttc tccgttgaag gcaaaagctg catcaatcgg