生物信息学重点..doc

名词解释 分子进化中性学说　１９６８，木村资生提出，认为多数或绝大多数突变都是中性的，即无所谓有利或不利，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况。生物的进化主要是中性突变在自然群体中进行随机的“遗传漂变”的结果，而与选择无关。 相似性 　 不同染色体之间的相似程度 同源性 两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸 序列的相似程度 外显子 断裂基因中的编码序列。成熟mRNA上保留下的编 　　　　　　　　码序列，蛋白质生物合成过程中表达为蛋白质。 内含子 断裂基因的非编码区，可被转录到前体ＲＮＡ，在 　　　　　　　mRNA加工过程中被剪切掉，成熟mRNA上无内含 　　　　　　　　子编码序列，无法表达为蛋白质。 基于距离构建系统发育树 首先获得分类群间的进化距离度量，再依 据距离度量来重建一颗系统发育树，并使得该树能 最好的反应已知序列之间的距离 最大简约法 　根据离散型性状{包括形态学性状和分子序列（DNA，蛋白质等）}的变异程度，构建生物的系统发育树，并分析生物物种之间的演化关系。　　 　 最大似然法　　（ML）是完全基于统计的方法，以一个特定的替代模型分析一组序列数据，使所得的每一个拓扑结构的似然值均为最大，筛选出最大似然值的拓扑结构为最终树 EST expressed sequence tags，表达序列标签,指从不同组 织来源的cDNA序列。 SNP Single Nucleotide Polymorphisms，单核苷酸的多态性 选择 ＲＮＡ不含的碱基 T 生物性息学数据库检索　６个ｌａｓｔ，五个程序，何时用 ＤＮＡ．ＲＮＡ连接方式、方向性、是否重复、ＲＮＡ易被水解？ 磷酸二酯键 都5′→3′ ------ RNA更易水解 RNA是单链，DNA是双链，DNA水解时需要解旋，解链成单链，破坏维持它稳定的键能就需要更大的能量，所以RNA更易水解。 DNA 双螺旋模型，碱基配对，立体结构、 两链反向平行 AT GC α螺旋 H链的形成 蛋白质（主）二级结构，多肽链主链围绕中心轴呈有规律的螺旋式上升，每3.6 个氨基酸残基螺旋上升一圈，向上平移0.54nm，故螺距为0.54nm，两个氨基酸残基之间的距离为0.15nm。螺旋的方向为右手螺旋。氨基酸侧链R基团伸向螺旋外侧，每个肽键的N-H和第四个肽键的羰基氧形成氢键，氢键的方向与螺旋长轴基本平行。由于肽链中的全部肽键都可形成氢键，故α-螺旋十分稳定。 抗体具有4条多肽链的对称结构,其中2条较长、相对分子量较大的相同的重链(H链)；2条较短、相对分子量较小的相同的轻链(L链). 启动子、增强子区别、大小、位置、特异性、特定序列 启动子大 相同点:都为表达调控的顺式作用元件 不同点:启动子是转录起始位点上游与RNA聚合酶结合的一段DNA序列，而增强子是与启动子作用增强转录的一些片段，增强子的位置不固定，可以在启动子下游或上游。 DNA复制过程 复制的引发 DNA链的延伸 DNA复制的终止 蛋白质组与基因组的不同 蛋白质组：一种基因组所表达的全套蛋白质 基因组：一种生物体具有的所有的遗传信息的总和 .区别：基因组是指遗传物质.蛋白质组是基因组的表现形式． 蛋白质组随着组织、甚至环境状态的不同而改变。一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物，蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目。 生物信息学近期、远期任务 基因组相关信息的收集、储存、管理与 提供，新基因的发现与鉴定，非编码区信息结构分析，生物进化的研究，完整基因组的比较研究，基因组信息分析的方法研究，蛋白质分子空间结构的预测、模拟和分 子设计， EST基因鉴定 从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5末端或3末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。 基因组外显子特性、对象、区别 ORF是指mRNA上的核苷酸序列，而外显子和内含子是指DNA上的脱氧核苷酸序列。 蛋白质2级结构特性、准确性-------接近80% 二级结构：多肽链的某些部分氨基酸残基周期性的空间排列。 填空 中性学说的提出 分子进化中性学说　１９６８，木村资生提出，认为多数或绝大多数突变都是中性的，即无所谓有利或不利，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况。生物的进化