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Yadokari-XG 使用法簡易マニュアル Ver. 1.2. 2002/02/22 第一部　SHELXを用いたX線結晶構造解析 ?　c:\ydkr elements.dat sg.dat sym.dat sym2.dat ydkr.exe ydkr.ini ysg.exe ortep3.exe（ORTEP-3関連ファイル） ntserver.exe（ORTEP-3関連ファイル） grfont.dat（ORTEP-3関連ファイル） Yadokari-XGが起動するためには、SHELX関連ファイルが必要です。 以下のファイルを入手して、PATHの通ったディレクトリ（わからなければ、c:\windows\command）に保存してください。 ciftab.def (c:\ydkrの中にコピーをおく) ciftab.exe ciftab.rta (c:\ydkrの中にコピーをおく) ciftab.rtm (c:\ydkrの中にコピーをおく) shelxa.exe shelxh.exe shekxl.exe shelxpro.exe shelxs.exe shelxwat.exe sprint.exe SIR97、 DIRDIF、 POV-Rayなどの関連ソフトはそれぞれのインストーラが指定するフォルダにそのままインストールしてください。 以上で準備は整いました。 C:\ydkr.exeをダブルクリックすればYadokari-XGが立ち上がります。 ?　?単位で表示。「選択」にチェックを入れると、選択してい 　　　　　　　　　る原子間の距離を?単位で表示する。 オーダー：各原子のオーダー（SHELXの入力に書かれている原子の順番） 　　　　　　を表示する。 単位格子：チェックをいれると単位格子を表示する。 特殊位置：対称心、対称軸などの特殊位置を表示する。さらに、「詳細」を 　　　　　　クリックすることで、それぞれの対称要素を選ぶことができる。 パッキング：チェックを入れると、軸の長さの設定ウィンドウが現れる。 　　　　　　　さらに表示する軸の長さを入力し、「適用」をクリックすると、 　　　　　　　パッキングを表示する。 パート：チェックボックスにチェックが入っているパートの原子を表示する。 　　　　　ディスオーダーの取り扱いの際に便利。 フラグメント：モデルが結合で結ばれていない複数の部分に分かれている場合、 　　　　　　　　読み込み時に自動的にフラグメントに分類される。このチェックボ 　　　　　　　　ックスでそれぞれのフラグメントの表示をON/OFFできる。溶媒分 　　　　　　　　子等の表示を消す場合に便利。編集中に分子が切れたり繋がったり 　　　　　　　　した場合には、「原子」－「フラグメントの更新」で再分類するこ 　　　　　　　　とができる。 表示形式：表示形式を選ぶことができる。「3D (OpenGL)」を選んだ場合には、 　　　　　「OpeGL Setup」をクリックすることで詳細に設定できる。パソコンに 　　　　　　よっては動きが鈍くなることもある。 フォント□丸：表示するラベルや原子の大きさを選ぶことができる。 　　　　　　　　9および4が標準。 ピークリスト：残存ピーク番号をその強度とともに表示する。リストの一部を 　　　　　　　　クリックすると、それよりも強いピークのみ表示する。 ＜代表的なアイコンの説明＞ 左から、「新規プロジェクトの作成」「既存のプロジェクトを開く」「gaussian outputを開く」「読み込み」「保存」 左から、「元に戻す」「繰り返す（元に戻すの取り消し）」 間違えた操作などしてしまったときに用いる。 左が「選択モード」右が「回転モード」 「選択モード」では、投げ縄で原子を選択することができる。 「回転モード」では、マウスをドラッグすることにより、分子を回転することができる。クリックして表示される円の外側でドラッグすると分子を表示画面に垂直な軸で回転することができる。 「回転モード」でも、Shiftキーを押しながらドラッグすることで投げ縄選択ができる。「選択モード」でも、Shiftキーを押しながらドラッグと分子が回転する。どちらのモードでもCtrlキーを押しながらドラッグすると箱形で選択できる。Altキーを押しながらドラッグすると分子が平行移動する。 左が「Fit Model to Window」：分子全体を画面にちょうどよく表示する。ホイール付きのマウスを用いている場合、ホイールボタンを押すと同じ効果。また、ホイールで分子モデ