第三章生物信息的传递(一)--从DNA到RNA解决方案.ppt

* * * * 转录起始后直到形成9个核苷酸短链是通过启动子阶段，此时RNA聚合酶一直处于启动子区，新生的RNA链与DNA模板链的结合不够牢固，很容易从DNA链上掉下来并导致转录重新开始。 一旦RNA聚合酶成功地合成9个以上核苷酸并离开启动子区，转录就进入正常的延伸阶段。所以，通过启动子的时间代表一个启动子的强弱。 * 对于强启动子来说，从封闭复合物到开放复合物的转变是不可逆的，是快反应。 * 启动子选择阶段 RNA聚合酶全酶对启动子的识别， 聚合酶与启动子可逆性结合形成封闭复合物， DNA仍处于双链状态。 * 核心酶在σ因子的参与下与模板的DNA接触，生成非专一的，不稳定的复合物在模板上移动； 2. 起始识别：全酶与模板的启动子结合，产生封闭的“酶-启动子二元复合物”（closed binary complex） 3.???? 全酶紧密地结合在启动子的-10序列处，模板DNA局部变性，形成“开放的启动子二元复合体”（open binary complex）； 4. 酶移动到转录起始点挂上，第一个rNTP转录开始，σ因子释放，形成酶-启动子-rNTP三元复合体。 * 大肠杆菌RNA聚合酶的活性一般为每秒50-90个核苷酸。随着RNA聚合酶的移动，DNA双螺旋持续解开，暴露出新的单链DNA模板, 新生RNA链的3’末端不断延伸，在解链区形成RNA-DNA杂合物。 * RNA聚合酶启始基因转录后，就沿模板5’→3’方向不停地移动，合成RNA链直到碰上终止信号时才与模板DNA相脱离并释放新生RNA链。 所有参与形成RNA-DNA杂合体的氢键都被破坏，模板DNA链与编码链重新组合成DNA双链。 * 茎的区域富内含G-C，使茎环不易解开； 强终止子3′端上有4-6个U，由于它和模板形成的连续U-A配对较易打开，从而便于释放出RNA。 E coli大约 一半的基因含有内部 终止子。 终止效率与二重对称序列和寡聚U的长短有关，随着发卡式结构和寡聚U序列长度的增加，终止效率逐步提高。 * ρ因子作用机制： 很可能直接在转录泡中接触RNA-DNA杂合链、并导致其解链。 或是由于ρ因子和RNA pol的相互作用，通过释放ρ和RNA pol使转录完全终止 * * * Only the holoenzyme can initiate transcription. Sigma factor ensures that bacterial RNA polymerase binds in a stable manner to DNA only at promoters. The sigma factor is usually released when the RNA chain reaches 8-9 bases, leaving the core enzyme to undertake elongation. Core enzyme has the ability to synthesize RNA on a DNA template, but cannot initiate transcription at the proper sites. * * * * * 在大肠杆菌中，最常见的调控因子是由rpoD基因所编码的σ70。 · σ70 当与核心酶结合时会改变其结构，以释放其DNA-结合区域. 。 · σ70 与 –35 和 –10 序列均结合。 * 真核生物的转录过程和原核是相似的，所不同的地方在于(1) 原核只有一种RNA聚合酶而真核细胞有三种聚合酶；(2) 启动子的结构特点不同，真核有三种不同的启动子和其它与转录有关的元件；(3) 真核的转录有很多蛋白质因子的介入。 RNA的编辑虽然不是很普遍，但在真核生物中却时有发生。 RNA的编辑可能是充分发挥生理功能所必须的。 哺乳动物中RNA编辑的实例 组织 靶标RNA 所改变的 碱基 结果 肝脏，肠 载脂蛋白B C→U 谷氨酰胺密码子→终止子 肌肉 半乳糖苷酶 U→A 苯丙氨酸密码子→酪氨酸 睾丸，肿瘤等 Wilms肿瘤基因-1 U→C 亮氨酸密码子→脯氨酸 肿瘤 神经纤维瘤基因-1 C→U 精氨酸密码子→终止子 脑 谷氨酸受体蛋白 A→I 多个谷氨酸密码子→精氨酸 ? RNA编辑的另一种形式是尿苷酸的缺失和添加。 研究发现，利什曼原虫属细胞色素b mRNA中含有许多独立于核基因的尿嘧啶残基，而特异性插入这些残基的信息来自指导RNA（guide RNA）。 指导RNA（guide gRNA） 1990年, L.Simpsom等在研究锥虫线粒体mRNA时发现了一类新的小分子RNA: 可以和mRNA分子被编辑的