ppt课件-第二十三章dna操作的基本技术.pptVIP

* ChIP-on-chip工作原理 甲醛处理使细胞内蛋白质和DNA交联 超声波打碎 特异性抗体免疫沉淀 目的DNA片段纯化、扩增 荧光标记和芯片检测 芯片数据分析 * （二）采用两步模型法进行ChIP-on-chip数据分析 两步模型法（two-step paradigm），可以从利用ChIP-on-chip获得的大量复杂数据中，经过聚类、挖掘、分析，得到有效的数据及信息，特别是可以获得大量的转录因子在基因组上结合位点的信息。 第一步在获得的数据中抽取转录因子结合位点处500~1 000 bp左右的序列信息，然后在这些序列中进行模式比对，寻找可能的模体（motif），获得粗略的目的数据集。 第二步对其进行数据挖掘和分析。 * （三）ChIP-on-chip适于DNA-核蛋白相互作用及表观遗传学研究 主要集中在两个领域： 第一，确定转录因子及其作用位点：能够将直接与蛋白结合的基因作为靶点，数据可以直接用于生物信息学分析，更直接地识别转录因子结合元件。 第二，确定基因表观遗传修饰，应用于表观遗传学研究。 表观遗传学的主要研究内容包括甲基化，组蛋白修饰和染色质重塑等。 ChIP-on-chip技术可提供基因编码区中组蛋白甲基化分布模式的信息：CpG岛表达序列标签芯片，可以显示基因组内CpG甲基化和组蛋白修饰之间的联系 * 三、芯片技术的发展——蛋白质芯片和组织芯片 蛋白质芯片