miRBase数据库简介概念.ppt

miRBase-microRNA序列数据库 目录 microRNA简介 miRBase简介 miRBase的主要功能: miRNA注册 miRNA搜索 特定miRNA具体信息 miRNA靶标预测 数据下载 microRNA简介 microRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的非编码小RNA分子，最早在线虫中发现，并广泛存在于许多真核生物和细胞中，包括植物、动物、单细胞藻类、病毒等。miRNA主要通过与靶mRNA的结合，在转录后水平介导mRNA降解(多见于植物)或翻译抑制(多见于动物)来调控基因表达。研究表明miRNA在动植物生长发育、动物细胞凋亡、癌症发生以及植物应答胁迫等方面发挥重要作用。 microRNA的命名规则： 将物种缩写置于miRNA之前，成熟miRNA用miR表示，miRNA的基因或初级转录本中预测的茎环结构则用mir表示； miRNA简写成miR，再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字，并且编号是连续的; 不同物种中同源的miRNA最好用同一个名字，同一物种中高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母； 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同miRNA成熟序列而pre—miRNA序列不同的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分； 如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA，则根据克隆试验，看看哪个是主要的成熟产物，次要的在后面加“*”号。 miRBase 18226 hairpin precursor miRNAs 21643 mature miRNAs 168 species miRBase miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一；库中所有数据都可以从首页Download page或直接进入FTP站点下载。 miRBase主要由三部分组成：miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。 而miRBase Targets database则已经更名为microcosm，并托管于EBI。 miRNA注册 提交所用的格式为Fasta格式。最终，提交的序列将会加入到 miRBase Sequence Database中。 miRNA搜索 miRNA搜索 miRNA搜索 miRNA搜索 hsa-let-7a-1 MI0000060 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA miRNA搜索 miRNA搜索 特定miRNA具体信息 信息主要包括三部分：茎环结构，成熟序列(包括miRNA*)和参考文献。茎环结构和成熟序列的序列信息都可以通过“Get sequence”得到相应FASTA格式的序列。 茎环结构部分除Accession、ID、Description、Stem—loop信息之外，还包括Deep sequencing数据、Genome context、该基因相关的Database links、基因所属Gene family。 成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deep sequencing信息，但还有试验证明(包括克隆、Northern以及Solexa测序等)和通过不同软件预测的靶标，并可通过链接查看。 References部分列的主要是Pubmed中有关该miRNA文献的链接，这有利于用户对该miRNA进行全面了解。 特定miRNA具体信息 茎环序列 Deepsequencing 信息 特定miRNA具体信息 成熟序列 Deep sequencing 信息 特定miRNA具体信息 参考文献 miRNA靶标预测 miRNA预测靶标的查询由Targets database负责，它主要针对动物miRNA靶标的查询。目前Targets database已更名为microCosm并托管于EBI。它运用的是miRanda算法，从多种物种基因组3’UTR信息中找出潜在的miRNA靶标。 用户可以通过主页链接或直接进入MicroCosm(http：／／www．ebi．ac．uk／enright-srv／mlcrocosm／htdees／targets／v5)查询。另外，动物miRNA条目页也提供了TargetSean、PicTar、DIANA-microT等软件预测的靶标链接。 数据下载 数据下载 FTP站点