生物信息学课件2-双序列比对.ppt

Step 4a: Select optional search parameters CD search Step 4a: Select optional search parameters Entrez! Filter Scoring matrix Word size Expect organism 过滤区域 Step 4b: optional formatting parameters Alignment view Descriptions Alignments 输出格式选项 taxonomy database query program 输出结果(1) 输出结果(2) Alignment view Descriptions Alignments NCBI提供的Blast服务 登陆ncbi的blast主页 核酸序列 蛋白序列 翻译序列 底下有其他一些针对特殊数据库的和查看以往的比对结果等 Blast任务提交表单（一） 填入查询（query）的序列 序列范围 （默认全部） 选择搜索数据库 如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索 Blast任务提交表单（二） 设置搜索的范围，entrez关键词，或者选择特定物种 2.设置各种参数部分 过滤选项，重复序列 E值上限 字串大小 Blast任务提交表单（三） 3.设置结果输出显示格式 选择需要显示的选项以及显示的文件格式 显示数目 Alignment的显示方式 E值范围 点击开始搜索 提交任务 查询号（request id） 可以修改显示结果格式 修改完显示格式后点击进入结果界面 结果页面（一） 图形示意结果 结果页面（二） 目标序列描述 带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列 匹配分值，e值 结果页面（三） 序列比对结果 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。 01 用途 序列转换 酶切位点分析 质粒图谱的绘制 开放阅读框寻找 引物设计 序列同源性分析 02 生物学软件应用:DNAMAN 操作方法 软件运行实例 第四章: 多序列比对 第一节 多序列比对意义 第二节 多序列比对方法 第三节 多序列比对数据库 第四节 ClustalW 软件使用 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 01 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 02 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 03 多序列比对意义 建立比对模型的生物学基础 基于氨基酸残基的相似性 理化特性,氨基酸残基的突变性 基于蛋白质分子的高级结构 二级结构、三级结构 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 Ⅰ Y D G G A V - E A L Ⅱ Y D G G - - - E A L Ⅲ F E G G I L V E A L Ⅳ F D - G I L V Q A V Ⅴ Y E G G A V V Q A L 表1 多序列比对的定义 表示五个短序列（I-V）的比对结果。通过插入空位，使5个序列中大多数相同或相似残基放入同一列，并保持每个序列残基顺序不变 多序列比对定义 多序列比对方法 手工比对法 通过辅助软件的不同颜色显示不同残基，靠分析者的观察来改变比对的状态。 辅助编辑软件如bioedit，seaview，Genedoc等 表2 氨基酸分组方法和代表性颜色 残基种类 残基特性 颜色 Asp (D), Glu (E) 酸性 红色 His (H), Arg (R), Lys (K) 碱性 兰色 Ser (S), Thr (T), Asn (N), Gln (Q) 极性 绿色 Ala (A), Val (V), Leu (L), Ile (I), Met (M) 疏水性，带支链 白色 Phe (F), Tyr (Y), Trp (W) 疏水性，带苯环 紫色 Pro (P), Gly (G) 侧链结构特殊 棕色 Cys (C) 能形成二硫键 黄色 * 表中采用的分组方法和用来区分不同组别的颜色与模型构件和三维图形软件中所用方法一致 比对结果： V D S – C Y V E S L C Y Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 4 -7 -18 -29 -40 E -22 -7 6 -5 -16 -27 S -33 -18 -5 10 -1 -12 L -44 -29 -16 -1 9 -3 C -55 -40 -27