Illumina食品安全解决方案.docx

Illumina食品安全解决方案 食品安全关系到广大人民群众的身体健康和生命安全，关系到经济健康发展和社会稳定 。据世界卫生组织估计，在全世界每年数以亿计的食源性疾病患者中，70％是由于食用了各种致病性微生物污染的食品和饮水造成的。原中国疾病预防控制中心营养与食品安全所对生肉、熟肉、乳和乳制品、水产品、蔬菜中的致病菌污染状况的监测结果表明，微生物性食物中毒仍居首位，占39.62％；化学性食物中毒占38.56％；动植物性和原因不明的食物中毒均占10％左右。因此，在我国，致病性微生物引起的食源性疾病仍然是对健康的严重威胁。 在我国规定的法定传染病报告制度中，大量肠炎、痢疾等散发食源性疾病病例以及病毒、寄生虫所引起的食源性疾病并不包括在其中。我国致病性微生物引起的食源性疾病现状表明，由肠道致病菌(沙门菌、副溶血性弧菌、大肠埃希菌O157∶H7 、单核细胞增生李斯特菌、伤寒沙门菌、霍乱弧菌、痢疾杆菌等) 污染食品而引起的食物中毒以及疾病散发是直接造成人体健康损害的主要食源性危害。 传统的微生物检测方法，主要包括形态检查、生化和分子生物学方法，涉及的实验较多、操作繁琐、培养需要时间较长、准备和收尾工作繁多，且分辨率低，微生物繁殖速度快，新的耐药菌株和新的病原菌不断出现。 随着全球人口的不断增加，对粮食的需求增大，分子生物技术的发展促使转基因食品越来越多，但由于转基因食品出现时间段，在安全性上还有较大的争议，对转基因食品的检测也是食品安全的一个重要工作内容。 以可逆性末端边合成边测序为主流的新一代高通量并行测序技术自2005年商业化以来，在分子生物学、农业、医学、微生物学等领域应用迅速，在基因组测序技术上启动了革命性的变革。Illumina公司作为主流技术提供商为食品安全提供不同的解决方案。 新一代测序技术简介：毛细管电泳测序或Sanger法测序针对一个模版分子合成互补链从而产生一条核酸序列。新一代测序技术在短时间内则是同时对一百万到数十亿条模板链进行测序，如Figue1所示，基因组DNA首先被破碎成小片段，在两端加上通用的序列已知的核酸片段后就完成文库构建，文库在测序系统Miseq上自动完成扩增、测序和数据分析，最大限度减少手动操作。传统的Sanger法对一株细菌完成基因组测序往往需要8个月左右的时间，费用巨大，现在利用illumina公司的Miseq桌面式测序仪在2天之内即可完成75株细菌，而在最先进的Hiseq2500高通量测序仪上，2天之内可以完成一千株细菌的基因组测序（Table1）。 食品安全领域应用： 1.食源性病原微生物基因组数据库建设 利用illumina专利的Nextera XT和Nextera Mate Pair建库技术可以在90分钟内针对基因组DNA、PCR产物、质粒完成短片段和长片段文库的构建，在Miseq桌面式测序仪上对食源性病原微生物样品进行基因组测序，病原微生物全基因组序列数据库是进一步快速检测技术研发和病原溯源的基础。Figure 2:美国FDA在对多家新一代测序技术提供商比较的基础上，于2012年9月选择Miseq桌面式测序系统作为未来5年全联邦食源性病原微生物鉴定分析系统，并对已有的食源性病原微生物进行全基因组测序，构建食源性病原微生物数据库，利用新一代测序技术高分辨率、速度快、无需细菌培养、操作简单、成本低、数据质量高等优势，在以后的食源性病原微生物溯源中逐步取代脉冲场凝胶电泳分型技术（PFGE）发挥作用。2.病原菌多位点序列检测鉴定和毒力基因检测在Illumina测序平台上可以非常方便地进行食源性病原微生物特定基因的靶向测序分析，针对致泻大肠埃希氏杆菌、金黄色葡萄球菌、单细胞增生李斯特杆菌、志贺氏菌、猪链球菌、肉毒梭菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、痢疾杆菌等常见食源性病原细菌保守的看家基因（House-keeping gene）的特定片段设计特异性的引物，扩增目标区域，在Miseq测序系统测序，可以快速对样品中的病原进行分子分型，分辨率高于PFGE法。基于illumina专利的Golden- gate技术，在Miseq平台上，可以同时把1~1536对引物混在一起对一个样品进行鉴定 。致病菌产生的毒素由毒力基因编码，同样针对不同病原菌的毒力基因设计特异性引物进行靶向区域扩增，可以快速鉴定出样品中菌株的类型和菌株毒力的强弱。Figure 3:3.食源性病原微生物溯源现代社会，食品生产已经完全工业化，物流迅速，食源性病原微生物导致的疾病往往会影响不同距离的区域，影响众多人的健康，快速对食源性病原微生物进行检测和溯源非常重要。新一代测序技术通过对病原微生物的基因组进行测序得到最高分辨率数据，比较不同菌基因组序列，构建菌株间的系统发育树，判断菌株之间的亲缘关系，结合流行病学调查，可以在48小时内完成病原微生物的