生物信息学作业实验.docVIP

广州大学学生实验报告 开课学院及实验室：生命科学学院 计机楼407 2013年 12 月 6 日 学 院 生命科学学院 年级、专业、班 生物工程10 姓名 学号 实验课程名称 生物信息学　 　 　实验六 蛋白质序结构预测 　 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质结构预测。 1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果； 2、总结进行上述分析所需注意的关键事项 1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果； 1、人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)； （2）在Search后的选择栏中选择protein； （3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin； （4）点击go后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列信息； （6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)； 2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择protein后，点击Kyte Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平； 3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： （1）进入NCBI/Blast网页； （2）选择Protein-protein BLAST (blastp)； （3）将FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击BLAST； （5）查看与之同源的蛋白质； 4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：expasy-tools(/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页。 （2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； （3）Prosite Profile前打钩，然后点击S； （4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）； 5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： expasy-tools(/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（/）进入； （2）进入predictprotein页面后，先register（注册）； （3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏 （4）分析结果 PHD predictions结果： PROF predictions结果 6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： 进入 http///swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页； 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏 （）（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。 2、总结进行上述分析所需注意的关键事项 对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析motif结构分析二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列列线预测二级结构。 3、比对数据库中已知结构的序列是预测未知序列三级结构的主要方法。多种途径可进行以上这种比对。最容易是使用BLASTP程序比对NRL