文献信息分析的指标及其含义.ppt

4.2 Arrowsmith 由D. Swanson等开发的可以在网上免费运行的软件， 网址为kiwi.U。 主要功能 反映两个表面上无联系的事件或者联系微弱的事件之间的潜在的联系。 主要步骤 分别用A和C两个词进行MEDLINE的标题词检索，将检索到的文献标题分别存储 到ARROWSMITH的网页，将得到的两个文件上传 系统会产生一个列表(B—LIST)，表中列出了这两个文件所存储的标题中同时出现的重要单词或者词组。用户根据自己的经验把一些没有意义的、含糊的单词去掉 点击B—LIST中任何一个单词x都会显示出相应的同时包含A和x的标题，下面一行会显示出同时含有x和c的标题。从这些标题中，用户结合自己的专业知识就可以从中发现主题之间的潜在的联系。 意义 帮助生物医学者发现新的、有用的联系，可以把它当作一种扩展MEDLINE搜索能力的软件，但不能替代传统的文献检索，因为它还必须在传统的文献检索的基础上开展工作。 4.2 Arrowsmith Arrowsmith交互界面 4.2 BITOLA 由斯洛文尼亚的生物统计与医学信息研究所的Dimitar Hristovski与Borut Peterlin研制开发。网址为www.mf.uni-lj.si/bitola。 主要功能 帮助生物医学研究人员发现生物医学概念之间的潜在联系。 特点 采用MeSH表中的主题词来表达概念，同时还包括了来自人类基因组组织（Human Genome Organisation，HUGO）的人类基因名称 采用闭合式和开放式两种发现模式。 4.2 BITOLA BITOLA挖掘结果界面 4.2 MedlineR 由Simon M. Lin等人开发，在R编程环境下运行，可从网上免费获得源代码（/pub/medlineR），并可以根据需要修改源代码。 主要原理 依据词共现分析原理寻找与某特定基因有生物学关系的其他基因，两两统计一组基因、基因—关键词对在同一篇文献中出现的次数,并以此为基础对这些基因、关键词建立共词矩阵，最后以Pajek可识别形式（.net格式）输出 意义 用户通过该系统可以获得与某一疾病相关联的基因关系网络图 对于生物信息学家和统计学家来说，MedlineR是建立更加复杂的文献数据挖掘应用的基础，是对实验方法的一个重要的补充 可以帮助医学科研人员所感兴趣的论题形成假设，得到相关因素的可视化图谱，其研究结果要在相关领域专家的指导下进行解释与评估并需要在实践中予以验证。 4.2 MedlineRMedlineR工作流程图 4.2 MedlineRMedlineR共现分析结果 4.2 MedlineR鼻咽癌几种相关候选基因可视化结果 4.2 GenCLiP 主要功能 用于发现基因之间的关联及构建基因关系网络图。 主要特点 所挖掘出来的疾病机理永远是最新的 所挖掘出来的信号通路（网络）是基于待分析基因和指定关键词的。 主要步骤 从PubMed下载与基因有关的文摘，并提取出超过设定滤过阈值的关键词。 对这些基因、关键词建立共词矩阵，通过平均连锁等级聚类算法进行聚类分析，并得到聚类分析点阵图。 利用GenCLiP的搜索功能，可以得到一个基于特定关键词的与某一基因相关联的基因关系网络图，还可以查阅到该基因涉及的相关文献。 4.2 GenCLiPGenClip的检索界面 4.2 GenCLiPGenClip分析结果界面 第二节目录 文献信息管理概述 文献信息管理软件 EndNote RefViz Quosa 医学文献王 一.文献信息管理概述 科研工作者对收集到个人专题文献予以阅读、标记、做笔记并加以科学的卡片编排以便查找，一直是科学研究和个人文献组织和管理的最经典方法。 现代的文献积累、组织和管理的方法是在继承传统的文献积累、组织和管理的基础上，与计算机技术、电子文献和网络技术相结合发展而来，其收集、积累、组织和管理文献的手段更加丰富多样。 一.文献信息管理概述 现代文献信息管理主要体现在电子全文阅览器和个人文献管理软件二种软件上，功能表现在以下几个方面。 （一）电子阅览器的功能 （二）文献收集高效化 （三）文献管理智能化 （四）引文写作一体化 （五）资源中心化、交流、共享网络化 二.文献管理软件 （一）EndNote EndNote(/enhome.asp)是美国Thomson ResearchSoft公司开发的文献管理软件，现为Thomson Reuters集团旗下产品。该软件为收费软件，有个人版和大客户版。在其主页有30天全功能试用版下载。它与Reference Manager和ProCite被认为是当今世界上最优秀的三个文献管理软件。 二.文献管理软件 （一）EndNote 主