16srna序列分析.docVIP

1 6 s R N A 序 列 分 析 前言 点阵分析（dot-matrix analysis），是指将两条以上核酸或氨基酸序列分别列示于纵横坐标，在同一位置上出现相同符号并形成连线，以揭示序列中重复片段或两条序列同源性的方法。 16sRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA，这段RNA序列在不同的细菌中的结构、功能都具有高度保守性,完成测序后通过点阵分析可以确定其同源性比较、用于细菌的系统分类鉴定、多样性和亲缘关系分析等。 虽然相对保守，但在不同的微生物中，16sRNA基因序列还是存在差异的，一般来说，16sRNA序列越接近，菌种关系越近，同源性越大；反之，16sRNA序列差异越大，同源性越小。 而本文主要利用点阵分析的方法对不同菌种的16SrRNA基因进行局部比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找两者可能的分子亲缘关系，以及进化途径的关系，从而为生物进化的研究提供理论基础。 内容 在窗口值为50，阈值为80的情况下，对细菌（变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪土芽孢杆菌、海氏肠球菌）、古生菌（硫磺矿硫化叶菌）以及真核生物线粒体（爪哇根结线虫线粒体）16sRNA两两序列间的点阵分析如下： 1. 运动发酵单胞菌 subsp mobilis 部分的16srRNA序列 链球菌mutans16SrRNA （St