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从学科交叉漫谈生物信息学 郝柏林 复旦大学理论生命科学研究中心 中国科学院理论物理研究所 /~hao/ 科学、宗教与艺术 同源而殊途：同源于描述和解释自然、人类以及人和自然的关系。 数学是自然科学的“画笔”：定量而不仅是定性地掌握自然规律。 科学结论具有可以定量检验的预测能力。 “数学”和“定量”包括解析、数值、图形和其它主要由现代计算机提供的模拟手段。 物理学已经成为鼎立于实验、理论和计算三大支柱上的成熟的学科。生物是物，生物学也会受到物理学的启发。 生物是物 生物有理 天地有大美而不言,万物有成理而不说。夫圣人者原天地之美，而达万物之理。 庄子，《知北游》 物含妙理总堪寻 (北京颐和园铜亭出口处对联下联) 细推物理须行乐何用浮名绊此身 杜甫 耳目之察，不足以分物理。 《淮南子。览冥训》 需要仪器观测和理论思维 物理学与生物学的相互促进由来已久 电学和电生理学同时诞生 C. A. de Coulomb, 1785 L. Galvani, 1791 生物学为物理学启示过能量守恒 医生R. J. Mayer (1842)：受动、静脉血色差别启发，第一个给出热功当量。 物理学家J. P. Joule (1843)：热功当量。 现役军医H. von Helmholtz (1847)：把能量守恒从机械运动推广到热、电、磁乃至生命现象。（24年后任物理教授） （感谢刘寄星博士核实姓名年代） 物理学为生物学提供过大量工具 光学显微镜(~1590)： 细胞(1665) 细菌(Antonie van Leeuwenhoek,1683) (Muller确认细菌为一类生物, 1773) X射线衍射晶体结构分析 DNA双螺旋结构（JD Watson,FHC Crick,1953） 肌红蛋白、血红蛋白晶体结构（1957,1959） 电子显微镜、扫描电镜、隧道扫描电镜 物理学为生物学提供过大量工具 各种光谱方法、荧光标记 中子衍射 示踪原子、放射性标记 核磁共振波谱 质谱仪 “化学”仪器：超速离心机、液相色谱分析、圆偏振二向色性分析、凝胶电泳 物理学为生物学提供了新思想 负熵 非周期晶体 对热涨落的担心 三联码（George Gamow, 1954） 生物中的“标度”和“分形” Erwin Schrodinger, What is Life? The Physical Aspect of the Living Cell, 1944, … Michael P. Murphy and Luke A. J. O’Neill, eds. What is Life? The Next Fifty Years, Cambridge University Press, 1995, 1997. 数学是关于形和数的科学 分析 代数 几何 统计、概率和随机过程 离散数学：组合学、图论、语言学 生物有形生物有数 生物有形，人所共识。地球上自然之美，多数来自生物本身和它们的营造。生物有数，则经历了漫长的认识过程。 生物有形 HIV 病毒 粘菌(Slime mold)：自组织现象的实例 “数学的应用:…生物学中的数学=0.” （恩格斯：1885） 于光远等译,《自然辩证法》, 人民出版社, 1984, 172页 生物有数 生物多样性（宏观数据） 现存物种知多少？ 从2 百万到10亿的种种估计 2003年11月初GenBank核酸数据库中有 154 089 种生物至少有1条数据 其中只有约半数有某些分类学信息 目前地球上存活着约 5000 种哺乳动物,约9000种鸟类 细菌是地球上最成功的物种,然而我们不知道它们的数目有多少 生物数据的产量 中国科学院基因组学研究所（“华大基因”）每天的测序能力：5000万碱基对（5*107） 一个人的基因组：3.2*109 碱基对 籼稻基因组：4.3*108碱基对 全世界每年生物数据产出量：1015字节 英国Sanger中心今后5年每年新增硬盘：80-100TB，即(0.8~1)*1014字节 GenBank 138版(2003年10月15日) 序列数: 29 819 397 (2981万) 核苷酸(字母)数: 35 599 621 471 (355亿) 序列平均长度: 1193 计算机：用火以来的最伟大发明 ENIAC（1944）：每秒330次乘法运算 神威计算机：每秒3840亿次浮点运算 曙光3000计算机：每秒4000亿次浮点运算 每秒1万亿次=1012次/秒 数学、物理和计算机科学大有可为 生物学引论 地球上的自然史 ~13 Bys: 大爆炸 ~4.9 Bys: 太阳系和地球