蛋白质预测.pptVIP

蛋白质预测 Protein structure prediction:The holy grail of bioinformatics 一、蛋白质结构 规则的二级结构： 1) α螺旋： 最常见 每圈螺旋含有3.6AA，平均11AA 其它一些螺旋：310螺旋，π螺旋 2) β折叠: 平均6.5AA，可看成被 拉伸的α螺旋； 单股β折叠不稳定， 会形成β片层； 部分规则二级结构： 1）转角：β、γ、π转角 β转角对蛋白质的功能和进化有重要意义。 2） Ω环 3）无规卷曲 许多特殊的生物学功能都发生在无规卷曲或其他非规则的结构中。 3. 二级结构预测 蛋白质 序列： ↓ 二级结构： 二级结构预测 蛋白质 序列： 二级结构： 1）二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测问题是模式分类问题 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于螺旋、折叠、无归卷曲（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 基本策略（1）相似序列→相似结构 基本策略（2）分类分析 α螺旋 2）二级结构预测的参数大体分为三代： 第一代是基于单个氨基酸残基统计分析 从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。 第二代预测方