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第九章 动物基因组学基础 扩增片段多态性AFLP * * 9.1 动物遗传标记 1)遗传标记的概念 遗传标记是指能够用以区别生物个体或群体及其特定基因型、并能稳定遗传的物质标记。 9.1.1遗传标记的发展 优点：简单直观 缺点：标记数目少，多态性低；容易受外界环境影响。 9.1.2、遗传标记的种类及评价 （1）形态学标记（morphological marker） 主要包括动物的毛色、角形、冠形、耳形、体形、外貌等。 （2）细胞遗传标记（cytological genetic marker） 主要指染色体的核型（染色体数目、大小、随体、着丝粒位置、核仁组织区等）、带型（Q、G、C、R带）和数量特征的变异等，反映染色体在数目和结构上的遗传多态性。 优点：不受环境的影响，呈孟德尔遗传 缺点：往往对生物有害，可利用标记数目少，多态性低；观测鉴定困难 （2）细胞遗传标记 （ 3 ）生化免疫标记 优点：数量较丰富；受环境影响小；检测手段简便，是一种较好的遗传标记 缺点：只能反映编码区的遗传信息；数量还不够高，不能覆盖整个基因组。 （4）分子遗传标记（molecular genetic marker） 优点：无表型效应；不受环境的影响；普遍存在于所有生物；数量丰富 缺点：检测技术相对复杂一些 不同检测技术的优劣各不相同，理想的分子遗传标记应该： ①遗传多态性高； ②检测手段简便快捷，易于自动化； ③遗传共显性。 理想的分子遗传标记 9.1.3分子遗传标记 主要检测相关技术 酶切 分子杂交技术 PCR扩增 电泳 DNA提取 酶切 限制性内切酶可特异地结合于一段被称为限制酶识别序列的DNA序列位点上并在此切割双链DNA。 分子杂交 目的序列 探针 杂交 变性 PCR 变性 复性引物结合 链的延伸 电泳 1、RFLP 限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） 操作技术路线： 探针杂交 基因组DNA酶切 电泳 Southern blotting RFLP 多态性产生机制： 检测区域内点突变、片段缺失、插入或重排等导致酶切位点相对改变。 A B AA AB BB 优点： 共显性遗传； 无表型效应； 不受年龄性别影响 缺点： 多态性低； 摸板DNA需求量大； 一个探针检测一个位点； 操作复杂，费时费力，成本高； 改进：PCR-RFLP 扩增产物 2、小卫星 minisatellite DNA 操作技术路线： 基因组DNA酶切 以VNTR特异序列为探针进行Southern杂交 多态性产生机制： 不同个体的串联重复序列的数目和位置不同，产生多态称DFP A B C D E F 优点： 共显性遗传； 无表型效应； 不受年龄性别影响； 个体具有高度特异性； 一个DFP探针可以检测十几个甚至几十个位点 缺点： 多态性低； 摸板DNA需求量大； 操作复杂，费时费力，成本高； 有时谱带过于复杂 3、微卫星 微卫星（mirosatellite DNA）又叫简单序列重复（simple sequence repeat，SSR）、短串联重复序列（short tandem repeat，STR） 、简单序列长度多态性（simple sequence length polymorphism，SSLP）。 高度重复序列常含有异常的高/低的GC含量，进行密度梯度离心时常在主要DNA带前/后形成次要的DNA带，称卫星DNA。15~76核苷酸为核心序列的为小卫星，2~6个核苷酸为核心序列的为微卫星。 设计专一引物 操作技术路线： PCR扩增微卫星片段 电泳 多态性产生机制： 不同个体的核心序列重复的数目不同，产生多态。 A B AA AB BB 4、随机扩增多态性DNA 利用一系列碱基顺序随机排列的寡核苷酸单链（一般10聚体）为引物，对靶基因组DNA进行扩增，产物电泳显色。 检测的是引物结合位点或结合位点间的碱基突变、缺失、插入、序列重排等引起的DNA多态性。 2 1 3 1 2 3 RAPD评价 优点 操作简单快速，成本低 模板少，引物易得 不用事先了解DNA序列 标记覆盖全基因组，多态信息含量中等 缺点 重复性差 标记为显隐性遗传 5、扩增片段多态性 选择性扩增基因组的酶切片段，用特定接头连接在酶切片段两端，在通过接头序列和PCR引物3‘端识别，进行扩增，产物电泳显带。