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第十章 微生物的分类和鉴定 一、名词解释： 系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。 系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。 分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。 微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。 分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。 鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题 命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。 培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。 菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。 标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。 种群（population）：也有人译为群体、居群或群丛等，是指一定空间中同种个体的组合。每一个物种在自然界中的存在，都有一定的空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元就称为居群。 种（species）：是生物分类中基本的分类单元和分类等级。它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属的其他物种有明显差异的一大群菌株的总称。 型（form / type）：常指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为心的亚种时，可以细分为不同的型。例如，按抗原特征的差异分为不同的血清型；按对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等等。 亚种/变种（subspecies / variety）：当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元—亚种。亚种是正式分类单元中地位最低的分类等级。变种是亚种的同义词。 真菌（fungi）：是不含叶绿体、化能有机营养、具有真正的cell核，含有线粒体、以孢子进行繁殖、不运动的典型的真核微生物。 粘菌（slime molds）：又称粘质霉菌，是非光合营养的真核微生物，不含叶绿素，吞噬方式摄食，产孢子和子实体等表型特征使它们介于真菌和原生动物之间。 热原体（Thermoplasma）：在古生菌中，有一类无细胞壁的原核生物很像支原体，由于他们无细胞壁、嗜热、嗜酸、行好氧化能有机营养，所以称为热原体。 二、填空： 细菌分类鉴定的主要文献是《伯杰氏细菌学鉴定手册》。 对生物系统发育进行研究，最合适的揭示各类生物亲缘关系的大分子物质是rRNA，特别是16SrRNA。 rRNA序列测定和分析方法有：寡核苷酸编目法和全序列分析法。 对于序列目录资料进行分析比较，常采用相似性系数和序列印迹法来比较各微生物之间的亲缘关系。 系统树分为无根树和有根树两种形式 在系统树图型中分枝的末端和分枝的连接点，称为结（nod），代表生物类群；分枝末端的结代表仍生存的种类。 构建分子系统树，最常用的是最节省分析法或称简约法。这种推断谱系的原则是：在所有可能的谱系关系中，涉及进化改变的序列特征数最少的谱系是最可信的。 20世纪70年代，Woese根据16SrRNA（18SrRNA）序列分析，将生物界分为三界（后改称三个域）：古细菌、真细菌、真核生物。1990年他又把它们改成为Bacteria（细菌）、Archaea（古生菌）和Eukarya（真核生物），并构建了三界（域）生物的系统树。 分类单元（taxon，复数taxa）是指具体的分类群。它有七个基本的分类等级（或分类阶元）即：界、门、纲、目、科、属、种。在微生物分类中，还有一些非正式的类群术语，如种以上的有群、组系；亚种以下的有培养物、菌株、居群、型。 根据国际命名法规，证实分类单元的学名，