05多序列比对和进化树分析.pptVIP

http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ Multalin http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular T-Coffee?Multiple Sequence Alignment Tools 多序列比对软件——MAFFT Download and installation rpm –ivh mafft-7.305-gcc_fc6.x86_64.rpm 必须有root权限 多序列比对软件——MAFFT 多序列比对文件美化 GeneDoc Boxshade Espript TEXshade WebLogo/SeqLogo JProfileGrid 多序列比对结果特征提取 Protein alignment based DNA alignment http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans/ 根据蛋白比对结果来对编码DNA序列进行比对 进化树分析 第二部分 进化树（evolutionary tree）又名系统树（phylogenetic tree）已发展成为多学科（包括生命科学中的进化论、遗传学、分类学、分子生物学、生物化学、生物物理学和生态学，又包括数学中的概率统计、图论、计算机科学和群论）交叉形成的一个边缘领域。闻名国际生物学界的美国冷泉港定量生物学会议于1987年特辟出进化树专栏进行学术讨论，标志着该领域已成为现代生物学的前沿之一，迄今仍很活跃。 进化树（evolutionary tree） 利用现代分子生物学技术所获得的生物多样性的信息 ,可大致分为以下两大类:1）离散特征数据 (discrete character data)，即所获得的是 2个或更多的离散的值 ,是赋给某一具体的运筹分类单位（operational taxonomic unit ,简称OTU）的；2）相似性和距离数据 (similarity and distance data)，它并不是某一具体分类单元所具有,而是用彼此间的相似性或距离所表示出来的各分类单位间的相互关系。 离散特征法则主要包括MP法（最大简约法）和ML法（最大似然法）。 距离法在构成距离矩阵（故而也称距离矩阵法）后，要么通过某个标准来筛选出进化树的最佳估计，可以用最小二乘标准来估计进化树，称最小二乘进化树；或者根据某种算法得到一个聚类的树形图，不必对每个树都进行比较，计算量小，因此也不一定是最佳的树，常见的有UPGMA法（类平均法）和NJ法（neighbor-joining method，邻接法）。 1. ClustalX +Treeview 2. Mega 3.1 Software /mega.html 进化树的应用 1. 新基因的鉴定 2. 新蛋白的分类 蛋白质功能预测 同源蛋白功能推测； 蛋白质结构域或基元分析。 Pattern and profile searches SMART http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1 InterProScan Motifscan 作 业 采用Genedoc软件分析（ AAQ84722.1 ） 要求：4个ortholog蛋白质序列alignment，每排80个氨基酸残基，采用二色（黑色标记一致氨基酸残基），每一个比较的蛋白质给出Genbank登录号 2.采用ClustalW在线分析（ AAQ84722.1 ） * * * * 生物信息学 第五章 多序列比对和进化树分析 Sequence alignment Part I Pairwise alignment The process of lining up two or more sequences to achieve maximal levels of identity (and conservation, in the case of amino acid sequences) for the purpose of assessing the degree of similarity and the possibility of homology. Definitions Homology Similarity attributed to descent from a common ancestor. Definitions Identity The extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant. Similarity The extent to which two (nuc