chap04晶体的X射线衍射理论.doc

第4章 晶体的X射线衍射理论 4.1 前言 在实验室中实践是学习蛋白质晶体X射线衍射的最好方法。不过，如果在做实验和处理数据中，仅仅按部就班而不明白为什么必须这么做将是不能令人满意的。而且，在测定蛋白质结构各个阶段中，需要决定下一部该怎么做。比如，在得到适于X射线衍射的晶体，并且已经将晶体浸泡在含有重原子试剂的溶液中,应用同晶置换法，那么我们该怎样获取重原子在晶胞中的位置呢？你要真遇到了这个问题，你会怎么做？必须知道一些蛋白质X射线晶体学理论背景的知识，才能回答这些类似的问题，这就是本章所要讲述的内容。一个数学背景不强但很想理解蛋白质X射线晶体学的学生，他循序渐进地学完本章就应该能工作。需要具有微积分的初步知识，假如你进一步明白X射线是以余弦函数形式传播的波，并且要知道关于矢量的一些知识，你就有了一个好的开始。对领会正文不是很必要的推导和解释放在嵌线内，如果你愿意，你可以跳过这些。 第1章介绍了X射线在晶体中的衍射。同可见光被二维光栅散射类似，晶体能在许多方向上使X射线衍射。从溶菌酶的X射线衍射实验中可以得知X射线的衍射可被理解为来自虚拟格子即倒易格子和Ewald球面的交点。从衍射线的方向，可以得到晶胞的大小。当然，我们更感兴趣的是晶胞内的内容，即蛋白质分子的结构。分子的结构和晶胞中分子的排列方式决定了衍射线的强度。因此，我们必需找到衍射强度与晶体结构之间的关系。事实上，这就是衍射数据与晶体结构中的电子密度分布之间的关系，因为X射线唯一地被原子中的电子散射而不是被原子核散射。 散射是X射线作为电磁波与电子间的相互作用。如果一束电磁波入射到一电子体系中，电磁波中的电分量和磁分量向电子施加了作用力。这使得电子以与入射电磁波相同的频率做振荡。振荡中的电子作为辐射源会发出与入射波相同频率的辐射。入射波的能量被电子吸收然后再被辐射出。由于电子与原子核之间的吸引作用，原子中电子还存在一个电回复力的作用。不过，作为一个很好的近似，在X射线衍射中我们可以将原子中的电子作为自由电子来看待。 晶体的散射波可以被描述为许多子波叠加的结果，晶体中一个电子就有一个的散射波。这听起来有点儿可怕，因为蛋白质晶体中的每一个晶胞就含有大约10,000或更多的电子，何况晶体中含有大量的单胞。而所有这些波必须都得加起来！很清楚，我们需要一种方便的方法来叠加这些波。首先将提出一种方法，熟悉这个技术将揭示它如何简化整个过程。然后，很容易导出一个表达式,这一表达式显示出晶体每一散射波（强度）与晶体中或晶胞中电子密度分布的关系。下一步是将表达式逆转从而导出电子密度分布作为散射信息的函数。 4.2 波和它们的叠加 电磁波以余弦函数形式传播(图4.1a)。E是电磁波的电磁场强度，λ是辐射波长，ν是频率等于c/λ，c是电磁波的传播速度（光速），A是波的振幅。 图4.1a 显示了t=0时的波。在t=0时位置z处的电场强度为， 经过一段时间t后，波传播的距离为。因此在时间t时，位置z处的场强等于t=0时位置在出的场强： == 在z=0处，场强，方便起见我们用ω来代替2πv： 让我们现在来考虑一个新的波，其波长、振幅与原来的波相同，仅仅是相对原波平移了Z（如图4.1b）。平移Z等效于一个相移（Z/λ）×2π=α。 在位置Z=0和时间t，原波为： 在位置Z=0和时间t，新波为： 现在我们将这个新波看作是相对于参考波有一相移的任意波： 因此，波Acos(ωt+α)可以看成为两个波的合成，一个波的波幅为Acosα，相角为00，另一个波的波幅为Asinα，相角为900；前一个波称为整个波的实部，后一个称为虚部。把不同相角的几个波叠加起来时，它们的实部因为具有相同的00相角而可以一起相加；同样，它们的虚部因为具有相同的900相角也可以一起相加。上面的论述可以方便地在坐标轴系统里表示，这种表示图叫做Argand图。图中，横轴为实轴，纵轴为虚轴（如图4.2），波本身用矢量A表示，其在实轴上的投影为Acosα，在虚轴上的投影为Asinα1。几个个波的实部与虚部分别加和等价与对应的几个波矢量的加和。 结论：我们已经通过下列步骤简化了同频率（或波长）波之间的叠加问题： ?在两维坐标轴系统里，用矢量来表示一个波，矢量的长度与波的振幅相等，矢量与横轴（实轴）所成的角等于相对于参考波的相角。 ?系统叠加后的波的矢量可以通过对各分立波的矢量求和得到。 虽然把波表达为Argand图中的矢量是极方便的，但仍然需要手工把大量的成千上万的矢量加起来。将矢量写成数学化的形式可以解决这个问题。考虑到图4.2中的波由Acosα（水平）和Asinα（垂直）两个分量组成，我们可将整个波写成Acosα+iAsinα的数学形式，其中i简单地讲是表示分量Asinα指向