5个五核苷酸Y-STR基因座在河南汉族群体中的遗传多样性研究.docVIP

5个五核苷酸Y-STR基因座在河南汉族群体中的遗传多样性研究 　　Y染色体短串联重复序列(shorttandemrepeat，STR)遗传标记具有分型简单、易于扩增、呈父系遗传和重复性好等优点，在法医实践中成为分析混合斑、微量降解等生物检材的个人识别和父系男性成员间亲权鉴定的重要手段。核心序列为五核苷酸的Y-STR基因座具有在复合扩增中优势扩增少等优点，在法医实践应用时具有一定的优势。目前报道的五核苷酸Y-STR基因座有十几个，相对常用的四核苷酸Y-STR基因座，有关五核苷酸Y-STR基因座群体资料的研究较少。作者根据NCBI()和有关报道，选择了5个五核苷酸Y-STR遗传标记:DYS446、DYS447、DYS463、DYS588和DYS643，调查其在河南汉族群体中的遗传多态性，从而为其在法医学实践和人类学研究中的应用提供基础资料。 　　1材料与方法 　　1.1样本来源及处理 　　知情同意情况下，采集403名河南汉族无关男性个体血样(确定3代以内均在河南生活);用常规有机酚/氯仿方法提取基因组DNA。 　　1.2五核苷酸Y-STR基因座基本信息及引物序列 　　根据文献完善5个五核苷酸Y-STR基因座的基本遗传信息。用PrimerPrimierv5.0软件设计引物，用TAMRA和6-FAM两种荧光染料标记引物(表1)，由上海英潍捷基生物技术有限公司合成。 　　1.3PCR扩增及产物检测 　　PCR扩增体系为25mu;L，包含1times;TaqDNA聚合酶缓冲液，1.5mmol/LMgCl22.5mu;L，2mmol/LdNTPs1mu;L，10mu;mol/L引物，10～50ngDNA模板，1UTaqPlusDNA聚合酶。反应条件:95℃预变性45s，55～64℃退火45s(表1)，72℃45s，32个循环;72℃10min;产物于4℃保存。取1mu;LPCR产物、0.3mu;L内标SIZ500和10mu;L去离子甲酰胺混合均匀，95℃变性后，置ABI3130遗传分析仪上进行全自动毛细管电泳，用GeneMapperIDv3.5软件对等位基因进行分型。 　　1.4等位基因的分型依据 　　1.4.1等位基因分型标准物的制备分别回收5个基因座经60g/L聚丙烯酰胺凝胶电泳后的等位基因片段，放入500mu;LEP管中，加入50～100mu;L0.5times;TE后混匀过夜，然后取3.0mu;L作为模板，按1.3所述条件进行扩增，将扩增产物按比例混匀。 　　1.4.2等位基因的命名分离后的各基因座不同等位基因片段由上海英潍捷基生物技术有限公司测序，按照国际法医遗传学学会DNA委员会推荐的命名原则进行命名. 　　1.5统计学处理 　　用MicrosoftExcel软件进行数据处理。各指标计算公式如下:基因多样性(genediversity，GD)=n(1-Sigma;Pi2)/(n-1)，Pi为群体中每一种等位基因频率。单体型多样性(haplotypediversity，HD)=n(1-Sigma;Pi2)/(n-1)，Pi为群体中每一种单体型的频率。个体识别力(thediscriminationpower，DP)=1-Sigma;Pi2。单体型辨别能力(discriminationcapacity，DC)=n/N，N为样本数，n为不同的单体型个数。 　　2结果 　　2.1 5个五核苷酸Y-STR基因座的测序结果。DYS446、DYS588和DYS643属于简单重复序列，DYS447和DYS463属于复合序列。 　　2.2 5个五核苷酸Y-STR基因座的等位基因频率及GD、DP值。403名河南汉族个体中DYS446、DYS447、DYS463、DYS588、DYS643分别出现11、9、7、9和6个等位基因，其中DYS446和DYS447基因座的多样性较高，DYS463和DYS643基因座多样性相对较高，DYS588基因座等位基因分布集中于等位基因13(频率高达0.72060)。 　　2.3 5个五核苷酸Y-STR基因座组成的单体型及单体型频率在河南汉族群体403例无关男性个体中，5个基因座(DYS446、DYS447、DYS463、DYS588和DYS643)组成的单体型有311种，其中261(83.92%)种单体型只出现1次，单体型频率为0.0025，出现最多的单体型是15-24-22-11-13和15-23-22-12-13，HD、DP和DC分别为0.99793、0.99545和0.77171。 　　3讨论 　　该研究调查了5个五核苷酸Y-STR基因座在河南汉族群体中的遗传多态