第五章蛋白质组学技术分析.ppt

第五章 蛋白质组学 临床生化教研室 第一节 蛋白质组及蛋白质组学基本概念 蛋白质组 （proteome）：是指特定细胞、组织乃至机体作为一个生命单元中所拥有蛋白质的集合； 是生命体中携带的基因信息在某一时段所表达的全部蛋白质。 蛋白质组学（proteomics）： 对在特定的时间和环境下所表达的群体蛋白质研究的一门学问。 蛋白质组学的诞生过程 蛋白质组学研究目的 蛋白质组学在蛋白质水平上探索蛋白质的表达模式、作用模式、功能机制、调节控制以及蛋白质群体内的相互作用；是在生物体或其细胞的整体蛋白质水平上进行的；并从一个机体或一个细胞的蛋白质整体活动来揭示生命的规律。 第二节 蛋白质组学研究的特点 整体性 揭示生命的动态性过程 体现生命现象的复杂性 整 体 性 蛋白质组与基因组相对应，是基因组所表达的全部蛋白质。各种蛋白质自身功能的发挥依赖于蛋白质间的相互作用，即整体性。 因此，在研究蛋白质组时采取的策略也是整体性的。 动 态 性 生命现象的千差万别，皆由特定时间蛋白质组所形成特定功能所决定。蛋白质组在同一个机体的不同组织和不同细胞中不同；在同一机体的不同发育阶段，直至最后消亡的全过程中亦在不断的变化。 复杂性 转录水平 翻译水平 翻译后蛋白质修饰水平 蛋白质空间结构的不同 第三节 蛋白质组学研究的内容及所采用的主要技术 蛋白质组学研究采用的主要技术 蛋白质分离技术 蛋白质鉴定技术 蛋白质——核酸间相互作用研究技术 蛋白质与蛋白质间相互作用研究技术 一、蛋白质的分离 二维凝胶电泳(two-dimensional gel electrophoresis，2-DE) 是目前蛋白质组研究中最有效的分离技术。 它由两向电泳组成，第一向以蛋白质电荷差异为基础进行分离的等电聚焦凝胶电泳；第二向是以蛋白质分子量差异为基础的SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳。 通过2-DE得到的蛋白质分离图谱呈满天星状，需要经过摄像或扫描转换为以像素为基础的，具有不同灰度强弱和一定边界方向的斑点电脑信号。 应用2-DE图像分析软件包进行的操作过程包括：图像采集、斑点检测、背景消减、图像内以及图像间的比较，从而获得生理与病理状态下蛋白质斑点的上调、下调、出现或者消失的信息。 二、蛋白质的鉴定 质谱技术 Edman降解分析技术 蛋白质分子结构分析技术 质谱技术的类型 目前在生物大分子研究主要应用的软电离方法是: 1)电喷雾离子化(eletrospray ionozation，ESI) ; 2)基质辅助的激光解吸离子化(MALDI) 根据质量分析器的不同又可分: 1)单聚焦质谱; 2)双聚焦质谱; 3)飞行时间质谱; 4)四极杆质谱 Edman降解 Edman反应原理 采用化学物质逐个降解N端氨基酸残基，然后顺序检测出氨基酸残基的性质与含量，报告肽的排列顺序。 检测灵敏度—— fmol水平 Edman原理 蛋白质分子结构分析 研究蛋白质结构的主要技术有三类 溶液中蛋白质分子结构的测定 核磁共振(nuclear magnetic resonance，NMR)、圆二色谱法、激光拉曼光谱法、荧光光谱法、紫外差光谱法以及氢同位素交换法。 晶体蛋白质分子结构的测定 X射线衍射分析法、小角中子衍射法。 蛋白质分子结构组合方式的测定 先将分析的蛋白质用质谱、圆二色谱、一维核磁共振、光散射等手段进行初步测定；再经核磁共振、X衍射分析，将结果与蛋白质数据库比较，最终分析确定蛋白质分子结构。 三、蛋白质—核酸间相互作用研究 蛋白质与核酸间相互作用的目的在于：对基因表达进行调控。 从蛋白质与核酸相互作用的角度研究基因的表达调控，是当今分子生物学研究的热点。 凝胶滞后实验 基本原理 蛋白质可以与末端标记的核酸探针特异性结合，电泳时这种复合物较无蛋白结合的探针在凝胶中的泳动速度要慢——即表现为相对滞后。 第四节 蛋白质组学研究的应用 在健康或疾病状态下，蛋白质在人体组织和体液中的质和量存在差异。 通过蛋白质组学的研究，针对上述差异，可以为人类各种疾病的诊断和治疗提供新的途径。 未来会对各种不同生物体来源的蛋白质组进行探索以发现新的蛋白质，比较健康与疾病状态下蛋白质表达谱的差异。 深入研究差异蛋白质在生命过程中发挥的重要作用，寻找药物作用靶点，为未来个体化分子医学的诊断与治疗的进步注入活力。 * * 1.基因是遗传