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试谈分子生态网络分析研究进展 　　1 分子生态网络的构建 　　高通量测序、或者功能基因芯片得到的数据都可以用矩阵的形式表现，矩阵的每一行表示一个样品，每一列表示一个分类操作单元(OTU)，或者一个基因的表达量，数值的高低表示该OTU(基因)在样品中的含量的高低，矩阵中0 或者NA(空缺)表示该OTU(或基因)没有在该样品中被检测到。 　　1.1 以相关分析为基础的网络 　　以相关分析为基础的网络通常用于物种(功能基因)矩阵中0 不是特别多的数据，这便要求样品之间的差距不能太大，一般用于多个重复样品数据构建网络。基于相关分析的网络构建主要分为2 个步骤，首先对所有的元素(OTU 或者基因)两两做相关分析，一般采用皮尔森相关系数( Pearson correlation coefficient)、斯皮尔曼相关系数( Spearman correlation coefficient)，然后通过选择合理的阈值确定网络的边。根据阈值选择的不同可以大致分为硬阈值和软阈值。 　　1.1.1 硬阈值 　　人为设定阈值相关系数r0 的绝对值=0.6，显著水平P0=0.01。当然也能根据不同的数据，不同的研究目的设置其他阈值。2 个元素之间的相关系数绝对值大于阈值r0，显著水平Plt; 时认为这2gt; 　　为了避免人为武断地设定阈值的缺陷，Luo 等题出了基于随机矩阵理论R