生物信息1课件.pptVIP

生物信息学 (Bioinformatics) 是数学、计算机、信息技术与生命科学交叉形成的前沿学科。 Bio – molecular biology Informatics – computer 、 mathematics and informatics etc. Bioinformatics – solving problems arising from biology using methodology from computer and mathematics science. Bioinformation Technology (BIT) Genbank Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。 欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库 日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据 Genbank库里的数据按来源于约55,000个物种，其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的34%是人类的EST序列)。 每条Genbank数据记录包含了对序列的简要描述，它的科学命名，物种分类名称，参考文献，序列特征表，以及序列本身。序列特征表里包含对序列生物学特征注释如：编码区、转录单元、重复区域、突变位点或修饰位点等。所有数据记录被划分在若干个文件里，如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类，其中EST数据等又被各自分成若干个文件。 NCBI的网址是：。 EMBL的网址是： http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/ PATHWAY DATABASE —A Pathway Example 二、生物信息学研究方向 传递不平衡方法 (Transmission Disequilibrium Test) 下面是来自三个家庭的传递/非传递数据表。 The Principle 无监督学习方法(Unsupervised Learning Methods) 聚类分析无监督数值分类要解决的主要问题是： 将有相似表达行为的基因进行归类，发现共调节表达的基因，从而推测未知基因的功能。 根据基因表达谱，将组织样本分组，这些组可能对应于特别的表型，如癌的亚型。 常用的无监督学习方法有： 层次系统聚类。 K –mean分割聚类。 神经网络与自组织映射 各种聚类分析方法有不同的适用条件与效能。 肿瘤疾病分型及预测 Fig.1. Classification trees for tissue types by using espression data form three genes (M26383, R15447, M28214) 遗传算法-支持向量机偶合的特征选择方法 PATHWAY DATABASE —A Pathway Example 生物医学信息（BMI)软件系统 给药个性化 由于存在遗传差异，如药物应答基因不同，病人对药物的疗效与副作用有不同的反应。 利用基因芯片技术可以对患者进行鉴别，实现对病人的个体优化治疗。 我们曾经根据药物动力学原理，提出了一整套个体化给药方案的设计与评价方法,研制了一套程序GPAP。希望今后能够结合药物基因组信息学进一步开展这方面的工作。 系统生物医学信息学 对疾病的认识 生物技术的支持和迫切需求 科 研 工 作（论文） 李丽，李霞，郭政，汪强虎, 两种过滤特征基因选择算法的有效性研究.生命科学研究, 2003, 7(4):369-373. 喻辉，郭政，李霞，基于GO与基因表达谱挖掘特征基因功能类，生物信息学 王琦，许杰，郭政，李霞，基于表达谱信息分析软件IDEA与WebGEA，生物信息学。 宫滨生，李霞，郭政， SAGE遗传分析系统的功能及应用，中国优生与遗传杂志2002－10－1 王磊，郭政，李霞, 屠康，徐建震，喻辉，宫滨生，互作蛋白质对应基因在mRNA水平的表达相关性分析，哈尔滨医科大学学报 朱晶，郭政，李霞，宫滨生，屠康，喻辉，徐建震，编码蛋白位于同一个信号传导通路内的基因表达相关性分析，哈尔滨医科大学学报 李传星, 调控通路内基因表达的相关性分析，遗传,2004. 王海芸,李 霞,郭 政,张瑞杰,四种模式分类方法应用于基因表达谱分析的比较研究,生物医学工程学杂志,2004 徐娜，李霞，郭政，杜磊，李丽，功能驱使的基因表达相似性分析，哈尔滨医科大学，2003，