酶学基础.ppt
DNA聚合酶I反应条件: 2、Klenow fragment: 聚合酶活性:5’ ?3’,需要引物 外切酶:3’? 5’ 用途: A:末端标记法 B:合成cDNA的第二链 C:随机引物(6nt)标记 D:末端终止法进行DNA序列分析 3、T4-DNA聚合酶 : 聚合酶活性:5’ ?3’, 外切酶:3’? 5’ 外切酶活性较klenow片段的活性大200倍,对单链DNA的活性大于双链DNA。 特点:当没有dNTP时,T4DNA聚合酶行使3’?5’外切酶功能,制造出3’隐蔽端。如果只有一种dNTP,则降解到该dNTP的位置。 用途: A、填补或标记限制酶切割DNA后产生的凹缺3’ B、末端标记带3’突出末端的DNA: 利用3’ ?5’外切酶活性作用于所有末端形式的3’端(平端、3’隐蔽端、5’隐蔽端)制造出3’隐蔽端,再利用它的5’ ?3’聚合酶活性补平,并加入放射性标记的dNTP C、标记用作杂交探针的DNA片段 D、将双链DNA的末端转化成平 E:体外诱变 4、T7-DNA聚合酶: 从T7噬菌体感染大肠杆菌细胞中纯化出来的,由两个亚基组成: (1)T7基因5编码的大亚基:有5’?3’聚合酶和3’ ? 5’外切酶活性。 (2)大肠杆菌编码的小亚基:硫氧还蛋白,增加大亚基对模板的亲和性 T7 DNA聚合酶的特点: (1)持续合成能力强:一旦与模板结合就会不间断地合成互补链。 (2)3’?5’外切酶活性高:单链和双链都能降解。 (3)不受DNA二级结构的影响:其它DNA聚合酶受DNA二级结构的阻碍。 T7-DNA聚合酶的用途: A、用填补或交换(取代)反应快速进行末端标记; B、将双链DNA的末端转化成平末端; C、复制较长的模板进行引物延伸反应,在测序中读出较长的序列。 5、修饰的T7DNA聚合酶 通过修饰使3’?5’外切酶活性下降99%以上,但聚合能力不受影响,修饰后的T7DNA聚合酶在聚合反应中有很高的持续性;进一步改进的基因工程生产的测序酶2.0,完全没有核酸外切酶花性。 用途: (1)DNA序列分析,可读出较长的序列, (2)标记DNA 3’隐蔽末端和更有效地补平末端。 6、末端转移酶:罕见的DNA聚合酶:从小牛胸腺中纯化出的碱性蛋白质,催化单链或双链DNA分子的3’-OH末端添加一个至多个脱氧核苷酸的反应。 特点: (1)需要3’-OH和二甲胂酸缓冲液; (2)不需要模板! (3)底物可以是单链DNA或是3’—OH突出的双链DNA,Co2+代替Mg2+下也可以作用于平末端。 (4)随机添加的dNTPs。如果只有一种dNTP,就添加上同聚物。 用途: (1)在载体或cDNA上加换互补的同源多聚尾,以便连接。 (2)标记DNA片段的3’末端 。 (3)快速扩增cDNA末端(Rapid??Amplification??of??cDNA??End简称为RACE)。 G、多种酶同时酶解时:可共用一种buffer时,则两种酶的酶切反应可同时进行;但如需不同的buffer时,则先低盐后高盐,如果对酶切效率影响不大,也可使用通用buffer;如果难以同时进行,一般采用一种酶先切,然后更换缓冲液,另一种酶再切。 H、酶切反应的终止:一般65℃,15’后电泳,但是有些酶65℃不失活。如EcoRV,则要用酚氯仿抽提。 I、酶解后电泳分析体积过量时,可以用2.5倍体积冷乙醇,在液氮中放置15’,如低盐buffer,则还须补加3 mol/L NaAc至1/10体积;也可用0.6体积的5 mol/L 乙酸胺和2倍体积的乙醇,在冰上放置5分钟,然后于4℃、12000g,离心5分钟;或 0.1倍体积的 5 M NaAc pH 5.4,2.5倍体积的冰冷乙醇,冰浴 5 分钟、高速冷冻离心10分钟、风干。 五.影响限制性核酸内切酶活性的因素 1、DNA样品的纯度: 蛋白质、苯酚、氯仿、乙醇、EDTA、SDS、NaCl等将影响DNA样品的纯度。 如果DNA样品难以纯化时,可以采取下列方法进行酶切: 加大酶的用量,1 mg DNA 用 10U 酶(但是不能超总体积1/10 加大反应总体积 延长反应时间 在有些DNA制剂中,尤其是按微量碱法制备的,会含有少量的DNase的污染。由于DNase的活性需要有Mg2+的存在,而在DNA的贮存缓冲液中含有二价金属离子螯合剂EDTA,因此在这种制剂中的DNA仍然是稳定的。然而在加入了核酸内切限制酶缓冲液之后,DNA则会被DNase迅速地降解掉。要避免发生这种情况,唯一的办法就是使用高纯度的DNA。 2、DNA样品的甲基化程度: 核酸内切限制酶是原核生物限制—修饰体系的组成部分,因此识别序
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