微生物多样性的探索与宏基因组海洋药物开发.pdfVIP

福建囊豫 第三鑫海津高技术论援 2005．08．19-23 微生物多样性的探索与宏基因组海洋药物开发+ 李翔4 张 黄良民 吴军 姜淑梅 戴世鲲 秦岭 (中国科学院南海海洋研究所广东省海洋药物重点实验室 0301) 广东省广州市新港西路164号51 摘要：近十多年来，随着抗生素及其他药物的广泛开发及，J盘床使用，病原微生物的耐药性和 抗药性问题越来越严重。因此，开发新型抗生素及相关新药的任务已迫在眉睫。在新药的研 究开发方面，海洋微生物以其丰富的多样性而成为当代研究的热点。研究表明，95％以上的 海洋微生物不能用现有的方法进行实验室培养，因而其代谢产物尚未为人类所认识和利用。 宏基因组工程使得许多未培养微生物的基因序列及其功能产物得以被确定和了解，这方面的 快速发展揭开了海洋微生物多样性研究的新的篇章。本丈概述近年来在海洋微生物多样性的 开发利用及其天然产物研究方面的进展，提出带有自动化特征的天然产物开发体系在海洋难 培养微生物次生代谢产物的研究开发中有着重要的应用价值。 关键词：海洋微生物代谢产物宏基因组药物开发微生物多样性 日|J舌 据初步统计，生活于海洋环境包括大洋深处的微生物大约有100万种以上(Whitman等， 1998)，构成了一个动态的遗传变异库，其中大多数微生物或者从来没有经过实验室培养，或 者至今无法培养，冈而其分类地位及其代谢产物尚未为人类所认识。可以说，由j二技术手段 的局限性，拥有巨大生物多样性的海洋微生物开发仍然处于萌芽状态。 十多年来，随着16SrRNA序列分析与系统分类学的广泛应用，以及不依赖于标准微生物 培养技术的基因克隆等相关技术的快速发展，海洋微生物多样性研究领域发生了根本性改变 从而形成了现代细菌学分类的基础。 从1929年发现青霉素以来，人们已经从微生物中开发了一百多种临床使用的抗生素，抗 癌和抗病毒药物。近几年来，传染性病原菌多重耐(抗)药性的迅速发展，新型传染性疾病 层出不穷，然而从可培养微生物中发现新型生物活性物质的研究却逐渐趋于停滞，为此当代 科学家们将研究的重点从陆地微生物转移到海洋微生物，但是，超过95％的海洋微生物却不 能用现有的方法进行实验室培养，因而其代谢产物尚未能为人类所利用。 微生物多样性的研究在海洋药物开发方面具有巨大的应用价值。本文简要分析海洋微生 物多样性研究领域中的一些发展现状，并提出一个新方案，发挥微生物多样性在海洋药物开 发利用中巨大的潜在价值。 ● +奉义作者李翔博二b是中国科学院“百人计划”人选，由中国科学院“百人计划”项目资助。在此致谢! +通讯作者!i墨i垫g@§坌5iQ：簋：￡卫 48 福建疆n’ 霭三囊海洋鲁技术论蠢 200s．08．19-23 l海洋微生物多样性 影响海洋微生物群体的生态系统既包括种类繁多的生物因素，又包括异常复杂的非生物 的因素。这些因素在微观和宏观基础上相互作用，促成了海洋微生物独特的生理和生态特性。 由于长期以来在这个研究群体中大量难培养的微生物始终占据着主导地位，至今对于它们新 陈代谢仍然缺乏了解，因此要完全理解这种相互作用还有待于进一步研究。可喜的是过去十 多年来在海洋微生物培养和高新生物技术上的高速发展，尤其是在基因和基因组相关技术上 的飞速发展，为我们在分子水平上了解和认识海洋微生物及其生态功能多样性提供了诸多的 便利。 基凶库(GenBank)中不断增加的16SrRNA及基因组序列数据库，为微生物系统分类提 供了相当丰富的种源信息。目前微生物学界所公认的原核生物分类系统(图1)中，原来11 个单列的“门”的设定(Pace 经被53个分类学意义上“门”的系统分类所取代，形成了现代微生物学的分类学基础，比如 rRNA序列数 Boone(2001)在权威性细菌分类系统“伯杰氏细菌分类系统”中，就应用了16S 据所提供的丰富的种源信息。在这些新增加的“门”中，有些