肺癌影像组学数据规范细则.pdfVIP

肺癌影像组学数据规范细则 影像组学（Radiomcis ）已经成为国际医学影像领域新兴的发展方向，中国科 学院分子影像重点实验室经过多年的发展，在影像组学方向上取得了系列的研究 成果，形成了完整的自主知识产权体系，并研发了一套针对肺癌的影像组学预测 软件，可以实现肺癌的良恶性、TNM 分期、生存期的预测，并能给出最优的诊 疗方案。为了推进与合作医院在影像组学上的研究工作，分子影像重点实验室与 合作医院共同制定了下面的肺癌影像组学数据规范细节，希望后续的合作医院可 以严格按照下面的格式要求提供肺癌数据，共同推动影像组学在临床中的应用。 肺癌影像组学数据包括影像数据和预后信息两部分，先就两部分进行分别说 明： 1. 影像数据格式规范 1) 数据来源 从螺旋CT 扫描机上得到的肺部影像数据，平扫和增强数据都可，如果两者 都有，请完整提供。 2) 数据格式 分子影像重点实验室支持 DICOM 格式的影像数据，请勿提供压缩格式的 DICOM 数据，以防止图像信息丢失，数据可以使用ITK-SNAP 或3DMed 软件 对影像数据进行读取测试，以确定数据可否被分子影像重点实验室识别： ITK-SNAP: 下载地址 /pmwiki/pmwiki.php ，以下为 ITK-SNAP 软件肺癌DICOM 影像数据的图示。 ITK-SNAP 读取DICOM 格式数据 3DMed ：下载地址/ ，其数据读取截图如下图所示。 3DMed 读取DICOM 格式数据 注意：DICOM 数据不要采用任何图像压缩方法，以防止图像信息部分丢失， 影响预测结果。如有其它非DICOM 格式的数据，请联系Radiomics 组责任老师 董迪。 3) 数据要求 图像大小：单层图像的像素数不小于 512*512 像素，单层影像大小一般在 512KB 及以上 数据层厚：影像组学分析预测需要使用薄层的 CT 数据，层厚需要限制在 0.625mm-2.5mm 层数：对于薄层数据，一个病人的影像层数应该在100-600 层之间。 注意：薄层数据的采集会增加病人的诊断费用，多数医院可能仍采用厚层 （5mm ）的CT 扫描，这种情况下只需要保证同批数据的层厚相同，例如都设为 5mm 即可，但需要在提供数据时同时注明数据的层厚。 4) 数据存储 数据存储文件命名方式如下图所示 （本规范建议但不严格限制按照下面的存 储命名范式）： 数据存储分为四级目录： 一级目录用于区分病人的病理类别； 二级目录用于区分不同的病人，每个病人的文件夹使用 ID 号进行区分，如 果医院ID 号系统不完善，也可以采用ID+病人姓名的命名方式； 三级目录用于区分同一病人不同的扫描序列，可以是增强或者平扫、不同的 层厚对应的体数据等； 四级目录为病人的影像数据文件。 一级目录（病人分类） 二级目录（各个病人ID） 三级目录（平扫、增强） 四级目录（CT 影像） 2. 预后信息格式规范 预后信息应以表格的形式给出，以下图示为预后信息的总览，其格式请参考 “肿瘤临床信息规范.xlsx” 。合作单位应以此为参考模板，但不局限于该模板，请 给出自己的肿瘤预后信息（如显示不清晰，可放大阅读）： 表格中， Order 表示需进行后续分析的肿瘤顺序； 分类表示良-恶性分类； 病理分型（中英文）表示该肿瘤的病理分型结果； ID 表示院方在获取数据时的编号； XYZ 表示肿瘤位置，P-Z/C1-Z/C2-Z 表示平扫或增强下CT 体数据肿瘤所在 影像层号； TNM 分期和临床分期表示该肿瘤的明确分期信息。 1) 肺结节位置 肺结节 （肺结节、肿瘤在该文档例均表示我们进行分析的肺部病变组织）位 置是肺部肿瘤预后的前提，每一个CT Volume 可能存在一个或多个肿瘤，因此， 首先需要对我们进行预后分析的肿瘤提供一个大致位置。后续的分割、TNM 分 期和病理分型等的