棉花基因组测序进展精选.ppt

棉花基因组测序研究进展 内容提要 棉属简介及分类 国际棉花基因组测序计划 棉花基因组测序的成果 棉花基因组测序的意义及展望 棉花简介 棉花是全球最重要的经济作物之一。它的纤维，俗称皮棉，是纺织工业主要的天然资源。 大约3300万公顷（约占世界5%的耕地）用于棉花种植。 2011年全球纺织工厂年度市场价值大约为6306亿美元。 除了它的经济价值，棉花也是一种研究多倍体化、细胞伸长和细胞壁生物合成的极好的模式系统。 棉花分类 根据纤维的长度和外观分类 【粗绒棉】--也叫亚洲棉，原产印度。由于产量低、纤维粗短，不适合机器纺织。 【长绒棉】--也叫海岛棉，原产南美洲。纤维长、强度高是其特点，适合于纺高支纱。中国只有新疆生产。 【细绒棉】--也叫陆地棉，原产中美洲，所以又称美棉。适应性广、产量高、纤维较长、品质较好是其特点，可纺中支纱[1]?。 根据棉花的品种分类 ⑴细绒棉：又称陆地棉。纤维线密度和长度中等，一般长度为25~35mm，线密度为2.12~1.56 dtex（4700~6400公支）左右，强力在4.5cN左右。中国种植的棉花大多属于此类。 ⑵长绒棉：又称海岛棉。纤维细而长，一般长度在33mm以上，线密度在1.54~1.18dtex（6500~8500公支）左右，强力在4.5cN以上。它的品质优良，主要用于编制细于10tex的优等棉纱。中国种植较少，除新疆长绒棉以外，进口的主要有埃及棉、苏丹棉等。 此外，还有纤维粗短的粗绒棉，已趋淘汰 根据染色体组学分类 51个种 5个四倍体 46个二倍体 A B C D E F G K （AD）1 （AD）2 （AD）3 （AD）4 （AD）5 (2n= 2x= 26) 非洲 美洲 澳大利亚 陆地棉 海岛棉 (2n= 4x= 52) 棉花属共包括46个二倍体（2n=2x=26)棉种和5个已经确认的四倍体(2n=4x=52)棉种，所有的二倍体棉花物种均可能由一个共同的祖先进化而来，这个祖先随后多样化分化成八个基因组，包括A、B、C、D、E、F、G和K。而所有的四倍体棉花物种都是由A基因组物种木本棉(又称亚洲棉）（G.arboreum(A2)）和D基因组物种雷蒙德氏棉（G.raimondii(D5)）物种间杂交形成。 二倍体棉种到四倍体棉种的进化史 棉花基因组测序计划 内容：国际棉花基因组计划（ICGI）是全球31个国家的科学家参与组建的国际学术组织，目的是提高对棉花基因组结构和功能的认识，促进全球棉花研究、教育等方面的交流、合作，加强知识和资源整合，促进和造福全球的棉花事业。 重要意义 棉花是世界上最重要的天然纺织纤维和意义重大的油料作物 棉纤维是研究植物细胞伸长、细胞壁与纤维素合成的最好材料 解码棉花基因组将是提高对棉属多倍体性、基因组大小变异的功能和农艺学重要性认识的基础 方法：全基因组霰弹法(即鸟枪法)和基于高分辨率物理图谱的逐步克隆法。 重点突破方向：雷蒙德氏棉在所有棉花物种中,虽然它不是栽培种,但其基因组最小,是首先实施测序的极好选择。如果可以得到主要棉花栽培品种陆地棉的综合物理图谱(陆地棉基因组是雷蒙德氏棉的3倍),雷蒙德氏棉的序列信息随时可以通过把其综合物理图谱的BAC末端序列作为锚而转移给陆地棉。 目标：从长远来看,棉花基因组测序最重要的目标是建立占世界棉花产量92%以上的、最广泛栽培的陆地棉种其全基因组序列。但由于其基因组丰富、尺幅大(约2.5 GB)、多倍体性质以及其他复杂性,必须制定分阶段实施的策略才能够生效。 棉花基因组测序的成果 2012-8-26二倍体棉花雷蒙德氏棉(D基因组）草图基因组公布 The draft genome of a diploid cotton Gossypium raimondii（Nature Genetics） 基因组大小约775.2Mb,包括了40,976个蛋白质编码基因，92.2%得到了转录数据的进一步证实。超过73%的组装序列被锚定在13条雷蒙德氏棉染色体上。 获得了在双子叶植物中有可能存在的paleohexaploidization事件以及在1300-2000万年前棉花全基因组复制（WGD）事件的证据。 确定了总共2,355个保守块，大约有40%的平行基因存在于超过1个保守块中，表明在进化过程中基因组经历了重要的染色体重排。 近57%的基因组由转座元件（transposable elements ,Tes）构成，其中大部分可能来自长末端重复序列（long terminal repeat，LTRs）扩增。研究人员在对陆地棉(G.hirsutum）和海岛棉（G. barbadense）种