土壤微生物总DNA提取方法的比较.pdfVIP

农业生物技术学报 Journal ofAgricultural Biotechnology 2005，13 ( 377二三 土壤微生物总DNA提取方法的比较 徐晓字 闵 航 一 刘 和 王远鹏 (1．浙江大学生命科学学院，杭州 310029；2．浙江大学环境与资源学院，杭州 310029) ·研究论文· 摘要：采用 4种土壤 DNA提取方法提取了 5种类型土壤的微生物总DNA，并对 4种提取方法的 DNA提取效果进行综 合分析，进一步通过 PCR—DGGE扩增提取 DNA中的细菌 J6S rDNA片段 ，并对扩增产物进行 DGGE电泳分析。结果表明， SDS．高盐缓冲液法抽提的 DNA得率最高，SDS一酚氯仿抽提法的 DNA得率最低。DNA的纯度，以 BIO一101 DNA Extraction Kit试剂盒法最高，改进试剂盒法纯度最低。通过 PCR．DGGE分析土壤微生物多样性结果表明，BIO一101 DNAExtractionKit试 剂盒法提取的 DNA代表的微生物多样性最全，而 SDS酚氯仿法抽提的DNA代表性最差。 关键词：土壤微生物；DNA提取；PCR—DGGE Comparison of DNA Extraction Methods for PCR—DGGE Analysis of Bacterial Community in Soil XU Xiao-Yu’ MIN Hang LIU He W ANG Yuan-Peng (J．ColegeofLi~Sciences,ZhejiangUniversity,Hangzhou31002~China； 2．Colege ofEnvironmentEngineering,ZhefiangUniversity,Hangzhou310029,China) Ab瞳l暑ct： The efectives of four soil DNA extraction methods for isolation of the total microbial DNA from five types of soils were compared．The four methods were evaluated comprehensively for their yields，purity and the impact on the subsequent by poly- merase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis(PCR—DGGE)analysis of the bacterial community．The resul~showed that the SDS-high strength salt method could obtain the highest soil DNA yield and the DNA Extraction Kit method was the best one for the DNA purity．According to the PCR—DGGE analysis，the DNA extracted by the DNA Extraction Kit method presented more di- verse bacterial com unity than that of the others and the SDS—phenol／chloroform method provided the poorest bacterial com unity diversity． Kay w嘲d。：soil microorganisms；DNA extraction；PCR-DGGE 农药、除草剂、人工合成物等异生物质，以及转 基因作物的种植等，对环境和土壤微生物的多样性 和种群变化产生明显影响。为评估这种生态学效应 的环境安全性，一般应用传统的微生物培养计数方 法来观察土壤微生物的变化。但土壤中可培养微生 物可能不及所有微生物总数的 0-3 左右(Amann et a1．，1995；Roose-Amsaleg et a1．，2001)。取土壤微生物 总 DNA后，通过变性梯度凝胶电泳(PCR．DGGE1、 单链构相多态性(SSCP)或者限制性酶切片段多样性 (T．RFLP)等分子生态学方法研究土壤微生物的多样 性以及种群变化，已成为更能揭示真实性的新途径。 由于土壤成分复杂，常规提取总 DNA的方法 难以去除腐殖酸，而微量的腐殖酸即可抑制 PCR扩 增中的 Taq DNA聚合酶以及酶切反应的限制型内 切酶活性 (Stefan and Atlas， l98