氨基酸序列熵值计算工具的实现及其在A型流感病毒HA蛋白序列分析中.ppt

氨基酸序列熵值计算工具的实现及其在A型流感病毒HA蛋白序列分析中的应用;A型流感病毒HA蛋白氨基酸序列中特殊位点的突变对其抗原性、毒力、受体结合特性等有显著影响 这些特殊位点的识别和其突变规律的揭示对流感病毒疫苗、致病机理、跨宿主传播等研究具有重要意义 氨基酸序列最大熵可以用来反映氨基酸位点的保守性和可变性;ClustalX;开发环境：Microsoft Visual Studio .NET 2003 开发语言：C# 主要技术：文件流、ADO.NET等 主要控件：DataGrid、OpenFileDialog等;1、熵值计算 利用熵值计算公式计算每个序列集各位点的熵值。 2、保守序列 保守序列定义：每个位点出现概率最多的氨基酸的值。并针对可能出现的情况对每个位点的显示形式加以区别。 3、数量统计 以数量的形式显示每个序列集，每个位点各种氨基酸的数量。 4、百分数统计 以百分比的形式显示每个序列集，每??位点各氨基酸占总氨基酸数量的百分比 。;Entropy的界面;从NCBI的流感病毒资源数据库采集流感病毒HA蛋白氨基酸序列。选择A型流感病毒、任意宿主、任意地区、HA片段，H3/H5亚型、仅选择全长序列、移除同一序列,其余条件系统默认。符合条件的序列集有832/932条序列（至2007年7月16日）。分别命名为SetH5和SetH3。取得的序列统一制成FASTA格式 ;ClustalX装载序列后，杂乱无章;序列比对后，适当的引入空位，比对结果整齐有序;已对齐的SetH3;已对齐SetH5;Entropy的应用——对齐序列编辑1;Entropy的应用——对齐序列编辑2;Entropy的应用——对齐序列编辑3;Entropy的应用——编辑后再次对齐分析;Entropy的应用——数据输入;Entropy的应用——数据输入;Entropy的应用——熵值计算;Entropy的应用——结果显示（熵值）;Entropy的应用——结果显示（保守序列分析）;Entropy的应用——结果显示（氨基酸数量统计）;Entropy的应用——结果显示（氨基酸出现概率）;226位点对比结果 ;Entropy的应用——熵值判断标准 ;■代表高突变位点，△代表易突变位点 ;Entropy的应用——分析结果2 ;Entropy的应用——分析结果3 ;Entropy的应用——分析结果4 ;讨论与结论1 ; 3、H3亚型137、226位点熵值为分别为1.691和1.865，具有较高的突变率。而226位点位于受体结合位点“Pocket”（袋状蛋白）的底部，在和唾液酸结合过程中作用重要，这一位点氨基酸残基易于突变，表明H3亚型流感病毒在和宿主细胞表面的受体作用时具有不同的结合常数。即同一亚型病毒与相同受体结合时，结合力稳定性不同，因此可以表现出不同的毒力 。 4、同一亚型不同抗原表位的熵值也不同。经验表明，突变率高的抗原表为通常为病毒的主要抗原表位。如，H3亚型表位A和表位B位主要抗原表位；H5亚型表位B为主要表位。 5、应用Entropy可以方便地进行氨基酸序列保守区分析，同时也可以对多个数据集的分析结果进行比较分析，以发现数据集的聚类特征。;谢 谢！