一图象采集与加工.ppt

2D Gel Databases Biobase 角质形成细胞,膀胱癌等 (丹麦Center for Genome Research) http://biobase.dk/cgi-bin/celis ECO2DBASE 大肠杆菌 (在NCBI库中) /respository/ECO2DBASE Heart-2DPAGE 人心肌 (德国柏林) http://www.chemie.fu-berlin.de/user/pleiss HSC-2DPAGE 人类心脏 (英国Harefield, Heart Science Center) http://www.harefield.nthames.nhs.uk/nhli/protein/index.html LSB 人类,小鼠和大鼠肝脏等 (美国Large Scale Biology) .2dmaps/patterns.html QUESTRef52 细胞,大鼠胚胎,酵母 (美国Cold Spring Harbor Lab) / SWISS-2DPAGE 十个人类图谱,包括: 肝, 浆细胞, 红细胞, 血小板, 以及酵母, 大肠杆菌 (瑞士日内瓦, University Hospital)2-DE数据库http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html Yeast S. cerevisiae, S. pombe等 (瑞典Goteborg University) http://yeast-2dpage.gmm.gu.se/ Yeast S. cerevisiae (美国Proteome Inc.) /YPDhome.html 其他物种以及细胞株的2-DE数据库及链接可查询参考：《蛋白质组学：理论与方法》P98-99《蛋白质化学与蛋白质组学》P305-308 谢 谢 * 这就是将2DE和质谱相结合进行比较蛋白质组分析的实验方案。（方案完后），下面，我将汇报用以上介绍的方法进行脾淋巴细胞及乳腺癌比较蛋白质组学的实验结果。 四 、数据分析及输出（analysis and report） 为了分析蛋白质斑点之间差异表达，PDQUEST提供了多个分析程序，包括蛋白质斑点量(Quantity)分析，散点图工具（Satter Plot Tool） ,量的柱状图分析（Graph）等在内的多种分析程序。 量的分析 打开Matchset，单击DatabaseAnalysisCreate Analysis Set, 然后再单击参考图，就会出现一个对话框, 输入名字（Name）, Type有多种选项,要做量的比较就选Quantitative。 比较（Compare）形式有两种，一种是Gel, 可以单个的胶两两互相比较(只能是成员胶和参考胶进行比较)，另一种是Group，可以将同一样品的多块胶做为一组（这在Database Replicate GroupCreate Group下可以创建组），然后再组之间两两比较。然后再选择A 和B，分别表示两块胶或者是两组胶。 Replicate Group 在Select Spots Which are 中可以选择Increased, Increased or Decreased 或者是Decreased 等，激活选项后可以输入倍数关系, 默认的是2 times, 可以输入其他数值， 如3 times。参数设好后就单击go, 在参考胶上就会出现黄色圈标记的蛋白质斑点，如果你选择是Increased BA 2 times, 那么这些黄色圈标记的蛋白质斑点即为在量上B大于A 两倍的蛋白质点. 为了矫正银染对蛋白质点定量分析的影响，所有点的含量通过单个点的光密度值比上胶上所有点光密度质而正常化（Normalize）, 单击EditNormalize, 出现一对话框，选择左上角Enable Normalize，下面的窗口被激活，在Basis下选择Total of all Valid Spots, 在Scaling下选择PPM(×1000000), 然后单击?go。这样所有的点都正常化（Normalize）了。 归一化 Normalization 散点图工具 Scatter plot 单击Reports 下的Scatter plot，会出现散点图分析的对话框，可以选择x, y轴，分别代表一块胶，Markers 下可以选择倍数，下面的散点图即显示了两个2-D胶图像中蛋白质点之间的相关性，上面会显示二者的相关系数，如果相关系数大于0.4，说明二者有较大的相关性，如果小于0.4大于0.2, 说明相关性较小，小于0.2, 说明没有相关性。在Reports Scatter plots 下可以将所有的凝胶图之间的相关图都打印出来。