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1、首先将所有的染色体所有的碱基标记为无用的。 2、按打分由高到低排序，形成一个列表 3、每次从列表中拿出一个chain，扔掉与前面已经存在的chain 有overlap的区域，余下的部分添加上去。如果与之间的chain有gap，标记成子集。这样形成的层级叫net。程序记录coverage的区域，以区分复制。 * Block集：每个maf文件的target序列相同，按照target序列的坐标，对齐所有的maf文件 ，形成很多block，叫做block集， * 所有maf文件的Reference序列都放在第一行，按照reference坐标排列其他的物种序列，形成blocks，不在物种数里的物种剔除 * 多序列比对 孟雪红 mengxuehong@ Tel: +8600000000 January 2011 序列比对的意义 不同物种基因组共线性分析可以知道物种间亲缘关系，利于基因预测和功能注释(熊猫文章) * 同一物种SD(片段复制)分析(蚂蚁文章) * 主要内容 两物种基因组比对（lastz/chainnet） 多物种基因组比对（multiz） * Lastz/chainnet * Target sequence in put Scoring parameters Indexing target seed words Target file Back-end fil